Vache folle et prions

Cette semaine, je vous propose une fois de plus une vidéo de bio, qui parle des maladies à prions.

Sur ce sujet relativement récent, j’ai dû assez souvent retourner aux publications scientifiques d’origine, et je voudrais donc ici revenir sur quelques points et apporter plusieurs précisions.

Kuru et cannibalisme

L’épidémie de Kuru dans la tribu des Forés a été constatée dans les années 50, mais les premiers cas semblent remonter plusieurs décennies auparavant. Si l’histoire de la maladie vous intéresse (notamment l’évolution du nombre de victimes), vous pouvez vous en référer à

Alpers, M. P. (2007). A history of kuru. Papua New Guinea Medical Journal,50(1/2), 10.

Une précision importante à apporter concerne la manière dont les Forés pratiquaient le cannibalisme funéraire. Cette pratique n’était pas totalement généralisée, et n’était pas non plus systématique. On trouve de nombreux détails dans le paragraphe 4 de la référence suivante

Lindenbaum, S. (2008). Understanding kuru: the contribution of anthropology and medicine. Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 363(1510), 3715-3720.

Un « détail » intéressant : la pratique du cannibalisme concernait plus la tribu des Forés « du Nord » que celle « du Sud », mais le Kuru a touché uniquement les Forés du Sud.

Sur l’hypothèse « prion »

Je ne l’ai pas dit dans la vidéo, mais le terme « Prion » est un acronyme pour « PRoteinaceous infectION », ou bien (selon les sources) « PRoteinaceous Infection ONly ». Le mot « only » est important ici, car au coeur de l’hypothèse se trouve l’idée que le mécanisme de contagion ne fait pas appel à d’autres agents pathogènes plus classiques.

Pendant longtemps (même après le Nobel de Prusiner), des chercheurs ont pensé que la protéine PrP mal formée ne pouvait pas être seule responsable du phénomène, et qu’il devait y avoir d’autres éléments, par exemple un virus, qui entraient en jeu dans l’infection.

Pour prouver de manière irréfutable l’hypothèse du prion (c’est-à-dire le fait que la protéine PrP mal formée soit seule responsable), il faut réaliser en principe l’expérience suivante : prendre des protéines PrP normales in-vitro; les purifier fortement pour s’assurer qu’on ne garde bien qu’elles et pas d’autres éléments provenant des cellules ; trouver un mécanisme qui peut les déformer en protéines PrP mal formées ; puis les injecter dans un animal sain.

Si l’animal tombe malade (et que la purification était bonne) c’est que la protéine PrP mal formée est bien le seul agent pathogène responsable. Eh bien il a fallu attendre les années 2005 à 2010 pour que des expériences de ce genre soient réalisées de manière irréfutable.

Diaz-Espinoza, R., & Soto, C. (2010). Generation of prions in vitro and the protein-only hypothesis. Prion, 4(2), 53-59.

Un peu de physique…

Une des raisons de l’existence du mécanisme de contamination des prions, c’est le fait qu’il existe deux configurations possibles pour le repliement de la protéine PrP. Et il est intéressant d’analyser le problème avec des notions de physique.

Tout d’abord, il faut dire que l’on ne connait pas exactement les formes normales et anormales de la protéine PrP. On a pas mal de certitudes sur la forme normale, mais la forme anormale est encore largement hypothétique. Voir par exemple ce dossier de l’INSERM.

Au cours de la synthèse d’une protéine, celle-ci ne reste pas sous forme dépliée car cette configuration n’est pas la plus favorable énergétiquement. Comme tous les systèmes physiques, les protéines cherchent en permanence à atteindre un état d’énergie minimale, de la même manière qu’une bille posée sur la pente d’une vallée va chercher à rouler jusqu’au fond de la vallée. La raison pour laquelle une protéine se replie presque toujours rapidement dans la bonne forme, et ce malgré la foultitude des configurations possibles, est d’ailleurs un truc assez mystérieux (qu’on appelle parfois le paradoxe de Levinthal).

Dans le cas de la PrP, l’idée centrale est qu’il existe au moins deux configurations stables : la configuration « normale » (nommée PrPc) et la configuration « anormale » (nommée PrPsc). Puisque les deux semblent stables à l’équilibre, c’est que l’énergie associée à ces deux configurations est un minimum local, comme deux vallées adjacentes dans un même massif.

Cela pourrait ne pas être un gros problème, sauf qu’il y a cette capacité, que possède la « mauvaise » forme, de déformer les protéines PrPc « normales ». Si cette déformation se produit, c’est que l’énergie associée à la mauvaise configuration « PrPsc » doit être inférieure à celle de la PrPc. Mais en temps normal, les protéines PrPc ne sont pas capables de franchir la barrière énergétique qui les sépare de la configuration PrPsc.

On peut comparer le phénomène à celui de la surfusion (de l’eau ou de l’acétate de sodium). On est dans une configuration à peu près stable, mais le contact avec l’autre configuration sert de site de nucléation, abaisse la barrière énergétique et provoque la transition.

Quand j’ai creusé l’histoire des prions, j’ai eu une super idée : faire l’analogie avec la « Glace-9 » du roman « Le berceau du chat » de Kurt Vonnegut, dont j’avais entendu parler grâce à Dr Goulu. Et j’ai découvert que cette analogie avait déjà été faite il y a 20 ans :

Lansbury, P. T., & Caughey, B. (1995). The chemistry of scrapie infection: implications of the ‘ice 9’metaphor. Chemistry & biology, 2(1), 1-5.

Voici de quoi il s’agit : dans son roman, Vonnegut imagine que l’on découvre un nouvel état solide de l’eau, la « glace 9 », qui soit énergétiquement plus favorable que l’eau liquide, mais difficile à atteindre. Sauf qu’il suffit dès lors qu’un tout petit morceau de glace-9 touche de l’eau liquide pour la transformer instantanément en glace-9.

Creutzfeld-Jacob et compagnie

Quelques précisions concernant les encéphalites spongiformes humaines. Tout d’abord, on en connait plusieurs qui diffèrent légèrement : le Kuru, la maladie de Creutzfeld-Jacob, le syndrome de Gerstmann–Sträussler–Scheinker, l’insomnie fatale familiale…

Toutes ces maladies sont des maladies à prion, et je ne comprends pas forcément très bien dans quelle mesure on peut les diagnostiquer par des différences de symptômes. Je ne suis pas sûr, mais je crois comprendre qu’au niveau fondamental, on ne comprend pas la différence entre ces maladies (la protéines PrP pas repliée de la même manière ?), même si on peut en relier certaines à des mutations génétiques spécifiques concernant le gène de la PrP.

Cela m’amène à préciser deux points importants. Je l’ai dit dans la vidéo mais sans l’expliquer : la maladie apparue chez l’homme suite à la « vache folle » est une variante de la maladie de Creutzfeld-Jacob. La maladie de CJ « classique » peut avoir une origine sporadique (la maladie apparait spontanément, peut-être parce qu’une protéine a décidé un jour de mal se replier), une origine génétique (une mutation sur le gène codant pour la protéine PrP), ou une origine infectieuse (on a bouffé du prion). La maladie de CJ est une maladie connue, dont on observe une centaine de cas par an en France, dont 90% d’origine « sporadique ». La maladie apparue suite à l’ingestion de viande contaminée par la vache folle est une « variante » de cette maladie, qui se discrimine notamment par la jeunesse des sujets (moins de 30 ans pour la « variante », plus de 60 ans d’habitude). Tout ça pour dire qu’il y a régulièrement des malades de CJ, sans relation avec la vache folle.

Deux références sur l’épidémiologie de la maladie de Creutzfeld-Jacob :

http://ecdc.europa.eu/en/healthtopics/Variant_Creutzfeldt-Jakob_disease%28vCJD%29/Pages/factsheet_health_professionals.aspx

http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs180/en/

Le deuxième point que je voudrai préciser concerne les susceptibilités génétiques. Certaines maladies à prions sont d’origine génétique, d’autres peuvent avoir des susceptibilités, c’est-à-dire des éléments génétiques qui viennent influer sur la probabilité de contracter la maladie.

L’exemple de la variante de Creutzfled-Jacob est intéressant à cette égard. Le gène codant pour la protéine PrP possède en effet deux variantes à son codon 129 : la méthionine et la valine. Puisque nous possédons tous deux versions de ce gène, nous pouvons être hétérozygotes M/V, ou bien homozygote M/M ou V/V. Or il s’avère que TOUS les malades ayant contracté la variante de la maladie de CJ étaient M/M. Être M/M ne vous condamne pas à cette maladie, loin de là. Mais c’est un facteur qui semble le favoriser.

Sur les aspects génétiques des maladies à prions :
Mead, S. (2006). Prion disease genetics. European Journal of Human Genetics, 14(3), 273-281.

J’ai dit dans la vidéo qu’on ne savait pas détecter le prion. C’est vrai, mais une fois que les dégâts ont commencé, on sait le diagnostiquer par le dosage d’une autre protéine, la protéine 14-3-3. Le lien exact n’est pas connu, mais la protéine 14-3-3 semble être un sous-produit de la mort des neurones du fait de l’encéphalite spongiforme.

D’autres références en vrac que je ne savais où caser :

La question de savoir combien de protéines différentes on a dans le corps n’est pas simple ! On sait compter le nombre de gènes codant pour des protéines (environ 20.000), mais il peut y avoir des protéines différentes (avec des modifications comme la phosphorylation) engendrées à partir du même gène. Quelques dizaines de milliers est donc peut-être une hypothèse basse

How many different proteins are made in ?

L’expression « baiser de la mort » n’est pas de moi, mais je l’aime bien :

Caughey, B. (2001). Interactions between prion protein isoforms: the kiss of death?. Trends in biochemical sciences, 26(4), 235-242.

Sur la conservation de PrP chez les mammifères
Collinge, J. (2001). Prion diseases of humans and animals: their causes and molecular basis. Annual review of neuroscience, 24(1), 519-550.

Enfin une revue de Prusiner sur le sujet général :
Prusiner, S. B. (1998). Prions. Proceedings of the National Academy of Sciences, 95(23), 13363-13383.

Et pour finir, un papier qui suppute que nos ancêtres lointains étaient aussi cannibales :
http://www.nature.com/news/2003/030407/full/news030407-13.html
http://www.gs.washington.edu/news/article.pdf

42 réflexions sur “Vache folle et prions

  1. Et si…
    farceur !
    Mais ce serait à l’évidence un moyen de la nature pour rétablir une population mondiale adéquate sans que l’homme dusse en prendre la responsabilité.

  2. J’aurais une petite précision concernant le nombre de protéines présentes dans un organisme.
    Le processus le plus simple de synthèse d’une protéine est :
    1 gène ( ADN ) –> 1 ARN messager –> 1 protéine
    Ensuite la protéine peut subir diverses modifications ( wikipedia : Modification post-traductionnelle ) ou pas

    Cependant il existe un mécanisme appelé épissage :
    1 gène ( ADN ) –> 1 ARN messager –épissage–> plusieurs ARN messager –> plusieurs protéines

  3. un truc que je comprends pas : il vient d’où le prion ?

    a chaque fois qu’on en parle on dit que la maladie est causée par le fait de manger des trucs déjà contaminés (soit les farine animales faites avec des vache contaminées soit nous qui mangeons de la vache déjà folle ou pour le kuru des ancêtres contaminés ?)

    donc on a à la base toute une population déjà malade ? mais sans symptômes ? c’est le fais d’en manger qui développe la maladie ?

    • Bonjour,

      David a répondu à ton questionnement, dans les explications sous la vidéo :

      1- « on ne connait pas exactement les formes normales et anormales de la protéine PrP. »
      2-  » La raison pour laquelle une protéine se replie presque toujours rapidement dans la bonne forme, (…), est d’ailleurs un truc assez mystérieux (qu’on appelle parfois le paradoxe de Levinthal). »
      3-  » a)(…)origine sporadique (la maladie apparait spontanément, peut-être parce qu’une protéine a décidé un jour de mal se replier) »
      b) origine génétique (une mutation sur le gène codant pour la protéine PrP).
      c) origine infectieuse (on a bouffé du prion).
      Le c) est donc juste une conséquence du a) ou du b) et peut donc être retiré lorsque l’on parle de l’origine du replis anormal de la PrP.

      Là où cela devient intéressant, c’est que dans le cas a), on évoque alors une conscience de la protéine !
      Mais là où la science préfère s’engouffrer est forcément la b), car elle fait appelle au fameux hasard de la mutation du gène codant !
      Pour ma part, il est logique qu’il y ait une cause (énergétique ou autres) qui incite la protéine à mal se replier, et que par conséquent, celle-ci DÉCIDE de prendre la forme PrPsc.

      Quoiqu’il en soit, encore un remarquable travail de vulgarisation scientifique, qui permet maintenant à un plus large publique, de mieux comprendre le monde sur lequel il vit.
      Pour une suggestion d’un autre billet, et voyant, que tu es quelque peu musicien (guitare, synthé…), et qu’enfin, tu n’as pas déjà fait, serait sur le son et ses diverses applications (art, guerre….).
      Et pour terminer, encore bravo pour ton livre, qui je pense, ravit tous les parents qui ont des enfants … 🙂

      Amicalement
      Gus

      • Bonjour Gus Gus,

        Je ne peux pas te laisser dire ça.
        Je suis d’accord sur tes explications a) b) c). Mais attention à ne pas tout mélanger : le a) n’implique en rien une conscience de la protéine. Et le a) s’en remet tout autant au hasard que le b). La protéine ne décide rien du tout ! La protéine n’est pas un être vivant. La protéine n’est qu’une molécule, elle n’est pas incitée à quoi que ce soit, elle ne prend aucune décision.
        Attention à ne pas tout mélanger ^^

        Amicalement !

      • Bonjour,

        Je ne fais que reprendre ce que dis David.
        En cela, ses termes sont très précis : »(…)parce qu’une protéine a décidé un jour de mal se replier ».
        donc Tu ne me laisses pas dire, mais tu t’adresses à l’auteur de la citation ^^

        Pour ma part, et suivant une telle citation, je ne peut qu’en conclure que la protéïne a bien une conscience , car elle décide !

        Quant à ta remarque, lorsque tu me définiras ce qui est vivant de ce qui ne l’est pas, alors nous pourrons discuter de savoir si une protéine est vivante ou pas.

        Je ne mélange que peu de choses dans ma vie, si ce n’est que pour les sauces….
        🙂
        Amicalement
        Gus

      •  » une protéine a décidé un jour de se replier »
        -> il n’y a aucune conscience la dedans. C’est comme si on disait : » mon coeur a décidé de me lacher ce matin » .

      • Bonjour Jeff,

        A toi donc de me montrer qu’il n’y en a aucune.
        Un peu simplet de le dire suivant ta croyance !
        🙂

        Pour le cœur, je n’ai jamais entendu dire cette expression, mais plutôt : »le cœur a lâché », et non « a décidé de  »

        Ensuite, si à ces échelles, la conscience n’existe pas, alors démontre moi comment le hasard engendre le mécanisme du flagelle bactérien.
        Je suis curieux de vous entendre toi et Del poyo.
        😉
        Amicalement
        Gus

      • Bonjour,

        Pour en revenir au point 3-a) je pense que le fait de dire de la protéine qu’elle « décide » est le fruit de l’accumulation des interrogations sur le sujets (comme on en trouve dans les points 1- et 2-).

        Selon moi l’origine sporadique pourrait être due à une interaction avec son milieu, un peu comme comme ce qui est décrit dans le billet pour prouver l’hypothèse du Prion comme seul responsable de la maladie ; le « mécanisme qui peut les déformer en protéines PrP mal formées » connaîtrait une variante chez le sujet « infecté », variante inconnue à ce jour.

        Dans l’idéal, il faudrait
        -pouvoir comme suivre la protéine dans son milieu (sans interférer ce qui est plutôt délicat) jusqu’au moment où la conversion à lieu, afin d’affirmer on infirmer la conscience de la protéine (ou le fait qu’elle décide à vous de choisir)
        – et/ou au moins avoir plus de connaissances dans tout les mécanismes complexes qui entourent les protéines

        Je ne réfute ainsi pas totalement l’existence du choix que ferait la protéine, on peut ainsi concilier l’origine infectieuse, génétique, sporadique (mais qui proviendrait en réalité d’un tiers) avec la fameuse conscience.

        Mais lorsque vous dites qu’une CAUSE (énergétique ou autres) INCITE la protéine à mal se replier celle ci DECIDE de quoique ce soit, cela manque de nuance et donne l’impression de mélanger un peu tout.

        Amicalement bien sûr !

      • Bonjour Florian,

        « Mais lorsque vous dites qu’une CAUSE (énergétique ou autres) INCITE la protéine à mal se replier celle ci DECIDE de quoique ce soit, cela manque de nuance et donne l’impression de mélanger un peu tout. »

        Encore une fois, ce n’est pas moi qui le dit, mais bien David….
        Je ne fais que reprendre sa citation et de dire que, ce qui décide est donc pas conséquent conscient !
        CE N’EST PAS MOI QUI UTILISE CE MOT : DÉCIDE !

        Par contre, je pense qu’effectivement, toute protéine est consciente, puisque recevant de l’information.
        Mais là, n’est pas le sujet.

        Je rajouterais que lorsqu’une protéine se replie incorrectement, je suppose que celle-ci ne se trouve pas seule dans un milieu qui cause ce repliement.
        Alors pourquoi, les autres protéines ne subissent pas le même changement ?
        La cause ne vient donc pas du milieu externe à la protéine…Simple logique.

        Amicalement
        Gus

      • Re Boujour Gus Gus,

        Si je disposais des réponses à vos questions le débat sur Prion serait clos !

         » Alors pourquoi, les autres protéines ne subissent pas le même changement ?  »
        Justement elles le subissent comme vous le savez et c’est d’ailleurs ce qui fait la « beauté » du mécanisme de la maladie. Quant à savoir si c’est UNE protéine qui subit suite à une contrainte un changement conformationnel PUIS le transmet à d’autre ou si cela se produit pour PLUSIEURS d’entre elles à la fois ou un mix de tout … Quelque part ce n’est pas très important : si intervention extérieure il y a, le reste n’est qu’une question de durée et encore une fois il faudrait être dans la cellule pour voir « qui a commencé le premier ».

        L’idée que je défendais qu’il peut y avoir une cause extérieure et que vous réfutez d’une simple logique n’est pas si logique quand on ne connait pas encore le mécanisme exact ni le rôle que peuvent jouer les « non-coding accessory molecules such as polyanions and lipids » dans le déclenchement du processus. Cet extrait est tiré du lien dans le billet – paragraphe « Sur l’hypothèse « prion » »

        Amicalement

      • Re bonjour Florian,

        « Si je disposais des réponses à vos questions le débat sur Prion serait clos !  »
        =>Je ne vois aucune question posé dans mes posts.
        Si une question est posée, c’est que la réponse suit celle-ci. Ce qui en fait donc une observation, et non une interrogation.

         » » Alors pourquoi, les autres protéines ne subissent pas le même changement ? » »
        =>Ma réponse juste en dessous :
        « La cause ne vient donc pas du milieu externe à la protéine…Simple logique. »

        « Quant à savoir si c’est UNE protéine qui subit suite à une contrainte un changement conformationnel PUIS le transmet à d’autre ou si cela se produit pour PLUSIEURS d’entre elles à la fois ou un mix de tout  »
        =>La vidéo est très claire à ce sujet. C’est bien une Prpsc qui contamine les Prp dans ses alentours.

        « L’idée que je défendais qu’il peut y avoir une cause extérieure et que vous réfutez d’une simple logique n’est pas si logique quand on ne connait pas encore le mécanisme exact ni le rôle que peuvent jouer les « non-coding accessory molecules such as polyanions and lipids » dans le déclenchement du processus. Cet extrait est tiré du lien dans le billet – paragraphe « Sur l’hypothèse « prion » » »
        =>Ce serait donc pas une cause externe à la protéine.
        A partir du moment où le milieu change le mauvais replis d’UNE PrP, et pas plusieurs, alors la logique veut que la cause dépend de la PrP elle-même.
        Après, il est clair que déjà, comme personne ne sait comment et pourquoi une protéine peut ou pas se plier correctement, il est plus difficile de chercher la cause d’un cas unique (anormal) de ce phénomène.
        Pour ma pat, je pense que l’ARN y est pour beaucoup, pour un scientifique, ce serait plutot l’ADN, car mutation du gène. Ce qui n’explique toutefois, toujours pas la cause.
        🙂

        Bonne fin de Pâques !
        Gus

      • « peut-être parce qu’une protéine a décidé un jour de mal se replier »
        Ce n’est pas à prendre au premier degrés. C’est simplement une figure de style.

      • Salut Gus Gus,

        Ce n’est pas parce que David utilise le mot « décide » que c’est une bonne chose ^^
        Lorsque l’on fait de la vulgarisation en biologie/chimie, l’auteur aura toujours tendance à utiliser des amalgames et à donner une certaine volonté aux choses qui n’en ont pas (moi le premier lorsque j’explique ce que je fais), cela aide à la compréhension pour le public non avertis, mais la perversion de ce registre est que cela porte énormément à confusion dans l’esprit des gens. Cela se retrouve beaucoup dans les vulgarisations sur l’évolution par exemple. On offre une sorte de volonté propre à l’évolution, comme si elle suivait un destin tout tracé, prenait ses décisions. Or il n’en est rien. Ce n’est pas parce que David utilise le verbe « décider » comme verbe d’action pour une protéine qu’il a en tête l’idée que la protéine est consciente.

        Pourquoi une protéine n’est pas consciente ? Dire qu’une protéine est capable de conscience et de faire ses propres choix revient à en dire de même pour le tapis de ton salon. Si tu penses qu’un objet est doué de conscience et de vie, alors je ne pourrais pas te convaincre.

        Quand à la définition de la vie : la science en a créé une. On défini la vie, aujourd’hui, comme un système de processus biochimiques, contenu dans un environnement clos distinct de l’environnement extérieur, qui a la capacité de s’entretenir et de se répliquer. On peut, plus simplement, dire que la vie est tout système biochimique qui a la capacité de combattre l’entropie, d’entretenir et de répliquer cette capacité. Autrement dit : la protéine ne rentre pas dans cette définition. Et si vous savez ce qu’est un virus, vous comprenez tout de suite pourquoi il fait débat sur sa condition d’être vivant.

        Ensuite, tu dis cela : « Après, il est clair que déjà, comme personne ne sait comment et pourquoi une protéine peut ou pas se plier correctement » et David a précisément dit que les mécanismes de repliement était totalement inconnu, notamment en citant le paradoxe de Levinthal. Oui, il est vrai que les processus moléculaires et biochimiques précis qui régissent le repliement des protéines est aujourd’hui peu connu. Mais ne vous y trompez pas, on connait beaucoup de chose sur le repliement des protéines, et je vous invite notamment à vous intéresser par exemple aux protéines chaperonnes qui jouent un rôle primordial dans ce repliement : une défaillance sur une chaperonne pourrait être à l’origine d’un mauvais repliement de la protéine. Concernant le paradoxe, je le trouve franchement dépassé et mal pensé. Il considère que si on calcule les probabilités pour qu’une protéine de par exemple 500 acides aminés (aa) se replie comme il se doit, on arrivera à un résultat tout simplement impossible. Sauf que c’est une vision statique du problème. Ce n’est pas une protéine de 500aa qui se replie, non, c’est d’abord les 10 premiers aa qui vont commencer à se replier, puis les 10 suivants vont se joindre à la fête et ainsi de suite. La chaîne primaire en tant que telle n’existe pas dans la cellule. La protéine est aussitôt replier sur elle-même alors même qu’elle est synthétisée. Les structures secondaires vont se former en premier spontanément, puis les structures tertiaires vont se mettre en place au fur et à mesure avec l’aide, souvent, de chaperonnes. La probabilité calculé pour le fameux paradoxe n’a alors aucun sens. On sait aussi notamment que les aa hydrophobes jouent un rôle déterminant dans le processus de repliement et dans la stabilité de la protéine.
        Ceci peut donner beaucoup d’idée pour expliquer l’apparition d’une PrPsc, mais cela ne veut pas dire que l’on sait aujourd’hui quel en est la cause, loin de là.

        La question la plus étonnante que l’on peut se poser à mon sens, ce n’est pas de comprendre comment elle est apparue. Mais plutôt, si une protéine est capable d’exister en deux repliements stables, est-elle la seule ? Si oui, pourquoi est-elle la seule ? Si non, qu’elles sont les autres protéines capables de cela ? Quels avantages/désavantages l’existence d’une telle capacité protéique peut apporter à un quelconque organisme ?
        C’est son caractère unique qui me trouble aujourd’hui. D’autant plus que découvrir d’autres protéines ayant ses capacités ouvriront des portes sur la compréhension de ce phénomène.

        A+

      • Je confirme, l’usage du verbe « décider » était une pure figure de style. Je m’en serai abstenu si j’avais pensé que ça prêtait à confusion !

      • Bonjour à tous,

        Gus Gus vous insistez sur le fait que c’est initialement UNE protéine qui est modifiée. Sommes nous en sûr ? Si vous pouvez confirmer la réponse je serais heureux de l’apprendre cela voudrait dire que la compréhension du mécanisme avance.

        Car il est certes dit qu’une Prpsc peut en « contaminer » plusieurs autres mais je ne vois pas en cela la preuve qu’il n’y avait à l’origine qu’une protéine mal repliée. L’idée développée (peut être maladroitement) dans mes commentaires est qu’il pourrait y avoir un peu comme une source de déformation qui serait donc externe a la protéine elle-même. Ainsi le résultat final serait identique qu’avec une seule Prpsc qui serait advenue d’elle-même, mais le mécanisme serait différent.

        Cette piste de l’origine extérieure je serais volontiers prêt à la laisser tomber si il a été démontré qu’elle est désuète. Mais il me semble que la connaissance de ce mécanisme n’est pas encore totale et il serait ainsi dommage de mettre à l’écart certaines pistes d’études.

        Del Poyo ainsi je comprend votre étonnement pour ce « phénomène » et ces implications et c’est bien pour ça que je souhaite tant en comprendre l’origine, car une fois la connaissance acquise il pourrait être plus simple de trouver d’autres protéines dans la même situation et de comprendre leurs implications à leurs tours.

      • Hello Del Poyo (c’était pour la rime 🙂 )

        « Ce n’est pas parce que David utilise le mot « décide » que c’est une bonne chose ^^
        Lorsque l’on fait de la vulgarisation en biologie/chimie, l’auteur aura toujours tendance à utiliser des amalgames et à donner une certaine volonté aux choses qui n’en ont pas (moi le premier lorsque j’explique ce que je fais), cela aide à la compréhension pour le public non avertis, mais la perversion de ce registre est que cela porte énormément à confusion dans l’esprit des gens. Cela se retrouve beaucoup dans les vulgarisations sur l’évolution par exemple. On offre une sorte de volonté propre à l’évolution, comme si elle suivait un destin tout tracé, prenait ses décisions. Or il n’en est rien. Ce n’est pas parce que David utilise le verbe « décider » comme verbe d’action pour une protéine qu’il a en tête l’idée que la protéine est consciente. »
        => Je suis bien d’accord avec toi, mais comme cette phrase se retrouvait entre parenthèses, c’est que David soulignait dès lors une idée originale pour un scientifique. 🙂
        Cependant, si je pose la question à David en lui demandant dans quelle direction mettrait-il plutôt cette « volonté », la réponse aurait tendance à pencher malheureusement du coté de ce fameux hasard…..en tous cas, il sert à chaque fois qu’on peut dire : « temps qu’on ne sait pas… »

        « Pourquoi une protéine n’est pas consciente ? Dire qu’une protéine est capable de conscience et de faire ses propres choix revient à en dire de même pour le tapis de ton salon. Si tu penses qu’un objet est doué de conscience et de vie, alors je ne pourrais pas te convaincre. »
        =>Comparer un objet vivant avec un autre inerte n’est pas très subtile et ne démontre en rien que la protéine n’est pas consciente.
        Être conscient ne veut pas dire faire ses propres choix non plus.
        Mais savoir ce qui différencie ce que l’on est par rapport à ce que le monde extérieur est.
        Une preuve flagrante en est , que tu es bien conscient que tu es sur terre, mais tu ne sais absolument pas pourquoi tu y es.

        « Quand à la définition de la vie : la science en a créé une. On défini la vie, aujourd’hui, comme un système de processus biochimiques, contenu dans un environnement clos distinct de l’environnement extérieur, qui a la capacité de s’entretenir et de se répliquer. On peut, plus simplement, dire que la vie est tout système biochimique qui a la capacité de combattre l’entropie, d’entretenir et de répliquer cette capacité. Autrement dit : la protéine ne rentre pas dans cette définition. Et si vous savez ce qu’est un virus, vous comprenez tout de suite pourquoi il fait débat sur sa condition d’être vivant. »
        =>Je vais encore te décevoir une fois de plus, mais la définition de la vie, est basée sur 8 critères depuis 1990, par Doyne Farmer, lesquelles servent à déterminer, si un système est vivant ou non. Elle énonce les principes suivants :
        1. La vie est une structure dans l’espace-temps, plutôt qu’un objet matériel spécifique. (là, on ne parle déjà plus de structure ou de systèmes biochimiques)
        2. La vie implique un mécanisme d’autoreproduction.
        3. Un être vivant comprend une description de lui-même, qu’il utilise pour se reproduire (Exemple : ADN).
        4. Un être vivant possède un métabolisme qui convertit la matière ou l’énergie de l’environnement dans les formes et les fonctions utiles à l’organisme.
        5. Un système vivant interagit fonctionnellement avec son environnement.
        6. Un être vivant est composé d’un ensemble de structures interdépendantes qui constituent son identité.
        7. Une forme vivante reste stable malgré les perturbations dues à l’environnement (Exemples : redondance des gènes, processus de guérison).
        8. Les êtres vivants ont une capacité d’évolution au niveau des générations successives de l’espèce (Exemple : mutation génétique).
        D’après cette liste, nous pouvons alors considérer, que les robots, les programmes informatiques autonomes et les virus, ne peuvent être du domaine du vivant. Et scientifiquement, le débat est clos, même pour les virus (Cf. 4).
        Mais spirituellement, ça vaut pas un clou…excuse moi… 🙂
        A partir du moment où une quelconque structure a la capacité de produire un travail afin d’évoluer, cette structure, quelle quelle soit, et peu importe les moyens qu’elle utilise, alors peut être définit comme vivante.
        Cela me parait logique spirituellement, mais scientifiquement aussi.
        En ce qui concerne l’entropie, je considère aussi que le fameux « big bang » a fait naitre la néguentropie plutôt que l’inverse. Mais cela est un autre débat 🙂

        « Ensuite, tu dis cela : « Après, il est clair que déjà, comme personne ne sait comment et pourquoi une protéine peut ou pas se plier correctement » et David a précisément dit que les mécanismes de repliement était totalement inconnu, notamment en citant le paradoxe de Levinthal. Oui, il est vrai que les processus moléculaires et biochimiques précis qui régissent le repliement des protéines est aujourd’hui peu connu. Mais ne vous y trompez pas, on connait beaucoup de chose sur le repliement des protéines, et je vous invite notamment à vous intéresser par exemple aux protéines chaperonnes qui jouent un rôle primordial dans ce repliement : une défaillance sur une chaperonne pourrait être à l’origine d’un mauvais repliement de la protéine. Concernant le paradoxe, je le trouve franchement dépassé et mal pensé. Il considère que si on calcule les probabilités pour qu’une protéine de par exemple 500 acides aminés (aa) se replie comme il se doit, on arrivera à un résultat tout simplement impossible. Sauf que c’est une vision statique du problème. Ce n’est pas une protéine de 500aa qui se replie, non, c’est d’abord les 10 premiers aa qui vont commencer à se replier, puis les 10 suivants vont se joindre à la fête et ainsi de suite. La chaîne primaire en tant que telle n’existe pas dans la cellule. La protéine est aussitôt replier sur elle-même alors même qu’elle est synthétisée. Les structures secondaires vont se former en premier spontanément, puis les structures tertiaires vont se mettre en place au fur et à mesure avec l’aide, souvent, de chaperonnes. La probabilité calculé pour le fameux paradoxe n’a alors aucun sens. On sait aussi notamment que les aa hydrophobes jouent un rôle déterminant dans le processus de repliement et dans la stabilité de la protéine.
        Ceci peut donner beaucoup d’idée pour expliquer l’apparition d’une PrPsc, mais cela ne veut pas dire que l’on sait aujourd’hui quel en est la cause, loin de là. »
        =>Je suis entièrement d’accord avec cela, et David le dit tout autant avec moins de détails.
        La cause est justement le débat qui en a suivi, suite à ma réponse apportée à Roger21.
        Cette fameuse cause… 🙂

        « La question la plus étonnante que l’on peut se poser à mon sens, ce n’est pas de comprendre comment elle est apparue. Mais plutôt, si une protéine est capable d’exister en deux repliements stables, est-elle la seule ? Si oui, pourquoi est-elle la seule ? Si non, qu’elles sont les autres protéines capables de cela ? Quels avantages/désavantages l’existence d’une telle capacité protéique peut apporter à un quelconque organisme ?
        C’est son caractère unique qui me trouble aujourd’hui. D’autant plus que découvrir d’autres protéines ayant ses capacités ouvriront des portes sur la compréhension de ce phénomène. »
        =>Trouver la réponse dans un sens comme dans l’autre, permettra effectivement de comprendre des choses que l’on ne comprenaient pas auparavant.
        M’est avis qu’il est question de barrière d’énergie, mais aussi d’arn….Ah…l’information…de nos jours !
        😉

        O+
        (c’est une boutade…je précise !)

        Amicalement

        Gus

      • Bonsoir Florian,

        Je pense que les explications apportées par Del Poyo ont répondu à ton attente.
        Je serais bien incapable de t’apporter une réponse de scientifique sur ce sujet puisque ce n’est pas spécialement mon domaine.
        Cependant, je lis les nombreuses publications que David a la gentillesse de nous apporter en liens.
        Une partie de ton questionnement trouve peut-être sa réponse dans celui-ci, si tu es pote avec la langue de Shakespeare 🙂

        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2933051/

        Amicalement
        Gus

      • Re-salut Gus Gus,

        Que j’aime bien ces débats ^^ c’est toujours très intéressant de confronter les différentes visions que l’on peut avoir, et lorsque ça touche au vivant, c’est encore mieux.

        « Comparer un objet vivant avec un autre inerte n’est pas très subtile et ne démontre en rien que la protéine n’est pas consciente.
        Être conscient ne veut pas dire faire ses propres choix non plus.
        Mais savoir ce qui différencie ce que l’on est par rapport à ce que le monde extérieur est.
        Une preuve flagrante en est , que tu es bien conscient que tu es sur terre, mais tu ne sais absolument pas pourquoi tu y es. »
        –> Première erreur justement : la protéine n’est pas un objet vivant. C’est ce que j’essaie de te dire. La protéine n’est qu’un « objet », une molécule. Ce n’est qu’un ensemble d’atome. Si tu donnes une conscience à une molécule protéique, pourquoi ne pas en donner à un lipide ? Après tout, les lipides sont les constituants des membranes plasmiques. Et puis pourquoi pas la cellulose aussi, après tout, la cellulose est le composé #1 dans le monde du vivant (la paroi végétale est constituée de végétale). Si je ne me trompe pas, la cellulose est le composé organique présent en plus grande quantité sur Terre. C’est une molécule DU vivant (j’insiste sur le « du » dans le sens où elle est issue de celui-ci). Le papier est un objet inerte (en opposition à vivant comme tu l’indiques dans ta citation plus haut), je pense qu’on sera tous d’accord là-dessus. Le papier, c’est de la cellulose, elle même molécule essentielle dans la composition des parois végétales, qui font partie intégrante d’un être vivant. Tout ça pour dire, les protéines ne sont que des objets, moléculaires, certes, mais des objets. Donc dénuées de conscience (dans le sens où on les considéreraient comme des être vivants à part entière).
        Pour ce qui est de la définition de ce qu’est la conscience, on partirait dans un tout autre débat.

        « Je vais encore te décevoir une fois de plus, mais la définition de la vie, est basée sur 8 critères depuis 1990, par Doyne Farmer, lesquelles servent à déterminer, si un système est vivant ou non. Elle énonce les principes suivants :
        1. La vie est une structure dans l’espace-temps, plutôt qu’un objet matériel spécifique. (là, on ne parle déjà plus de structure ou de systèmes biochimiques)
        2. La vie implique un mécanisme d’autoreproduction.
        3. Un être vivant comprend une description de lui-même, qu’il utilise pour se reproduire (Exemple : ADN).
        4. Un être vivant possède un métabolisme qui convertit la matière ou l’énergie de l’environnement dans les formes et les fonctions utiles à l’organisme.
        5. Un système vivant interagit fonctionnellement avec son environnement.
        6. Un être vivant est composé d’un ensemble de structures interdépendantes qui constituent son identité.
        7. Une forme vivante reste stable malgré les perturbations dues à l’environnement (Exemples : redondance des gènes, processus de guérison).
        8. Les êtres vivants ont une capacité d’évolution au niveau des générations successives de l’espèce (Exemple : mutation génétique).
        D’après cette liste, nous pouvons alors considérer, que les robots, les programmes informatiques autonomes et les virus, ne peuvent être du domaine du vivant. Et scientifiquement, le débat est clos, même pour les virus (Cf. 4).
        Mais spirituellement, ça vaut pas un clou…excuse moi… 🙂
        A partir du moment où une quelconque structure a la capacité de produire un travail afin d’évoluer, cette structure, quelle quelle soit, et peu importe les moyens qu’elle utilise, alors peut être définit comme vivante.
        Cela me parait logique spirituellement, mais scientifiquement aussi.
        En ce qui concerne l’entropie, je considère aussi que le fameux « big bang » a fait naitre la néguentropie plutôt que l’inverse. Mais cela est un autre débat 🙂 »
        –> Alors maintenant c’est moi qui vais te décevoir encore. Il n’existe aucune définition du vivant officielle, arrêtée et validée par l’ensemble de la communauté scientifique. C’est ce qui rend la frontière toujours aussi flou entre vivant ou non-vivant. Je te rappelle que les 8 principes que tu m’énonces sont sortis tout droit (copier-coller, donc j’imagine que tu le sors de là) d’un article de Wikipedia (que je ne remets pas en cause, attention !) dans un chapitre intitulé « Tentative de définition » (https://fr.wikipedia.org/wiki/Vie_artificielle#Tentatives_de_d.C3.A9finition). Et c’est là où je veux en venir. Il n’y a pas de définition précise, et celle que j’ai donné dans mon précédent post, est la plus large et la plus adaptée qu’on puisse avoir aujourd’hui. Elle est certainement incomplète, peut être fausse, mais évoque des concepts que tout le monde s’accorde à donner au vivant. Je précise d’ailleurs que ce que j’ai dis regroupe la plupart des 8 points que tu présentes. Je suis d’ailleurs assez d’accord avec ces 8 points, mais dans la forme, je trouve leur énoncé trop précis. Déjà, le 1 est plus que douteux, fondé sur rien. Le 2 et le 3 se rejoignent, ça correspond à ce que j’ai dis : la reproduction. Le 4, le 5 et le 7 sont justes, ils ne sont que le reflet de ce qu’impliquent un milieu interne vs. un milieu externe. Le 4 correspond un peu à ce que je dis quand j’écris maladroitement « capable de s’entretenir ». Dire qu’un être vivant a un milieu interne implique beaucoup de choses, ces points ne font que les détailler. 6 : oui, ok. 8 : effectivement, je n’en ai pas parlé pour simplifier la définition, mais il faut savoir que le critère « le vivant est soumis aux lois de la sélection naturelle » est aujourd’hui plutôt bien admis dans la communauté. Tout ça pour dire 1) tu ne me déçois pas, 2) il n’existe pas de définition universelle et finie du vivant, 3) la définition que j’ai donné n’est pas aussi divergente de celle de Farmer et 4) quoique tu en dise, le virus est toujours en débat. Notamment pour une raison, quelque soit la définition que l’on souhaite adopter, on pourra toujours se demander si les critères listés sont nécessaires ou suffisants. J’entends : si un « objet » répond à tous les critères sauf un, doit-il être rejeté de la catégorie « vivant » ?
        D’un point de vu purement personnel, je suis convaincu que notre définition du vivant sera toujours mouvante et toujours à débat, à moins d’en définir une norme une fois pour toute. En effet, la Nature ne différencie pas les objets inertes des objets vivants. Une quelconque frontière réelle et nette, pour moi, n’existe pas. C’est mon point de vu, absolument dénué de sens scientifique. Et ainsi, pour revenir sur la question des virus : je considère qu’ils sont vivants, en ça qu’ils remplissent quasiment l’intégralité des critères. Ils évoluent, sont soumis aux lois de la sélection, ils sont capables de se répliquer (pas tout seul, certes), ils possèdent des structures complexes (membranes, ADN/ARN, protéines etc). Ils possèdent même la capacité de disparaître, jusqu’à n’être réduit qu’à de l’information génétique, avant de « renaître » des années plus tard. C’est une capacité d’adaptation ultime, le parasite parfait. De plus, je précise que les protéines virales sont surement parmi les plus ingénieuses (non pas qu’elles ont un cerveau ingénieux, mais plutôt que les mécanismes de fonctionnement de ces protéines sont vraiment des bijoux d’ingénierie !). Cette merveille biologique est, à mon sens, le vivant sous une forme peu intuitive pour nous.

        Bref, donc désolé de te décevoir : la science n’ayant pas de vraie définition du vivant, le débat n’est pas scientifiquement clos.
        J’ai pas compris qu’est-ce que spirituellement ne vaut pas un clou ??

        J’ai été un peu long, mais j’espère que j’ai été assez clair.
        Amicalement ^^

        PS : on est d’accord que tes 8 critères de définition du vivant prouve qu’une protéine n’est pas vivante :p

      • Oui David, mais cela n’explique pas la cause !
        La spontanéité apparente ne se dérobe pas d’une des lois de la physique, la causalité.
        D’où le débat juste au dessus 😉

        Amicalement
        Gus

    • Bonjour toto,
      Une figure de style en sciences est plus que douteuse….
      Les mots sortent pas aléatoirement non plus de la bouche de David. Il n’y a aucune chance qu’un se soit glissé par hasard en dehors ….

      Et si ce n’est pas à prendre au 1er degré, alors comment expliques-tu qu’une protéine décide?
      Par quoi peux-tu remplacer cette phrase dès lors?

      Amicalement
      Gus

      • En vulgarisation, si. Les « figures de style » sont bien venues. La vulgarisation a pour but de simplifier pour que les gens comprennent.
        De plus, même dans la communauté scientifique, on utilise ce genre de tournure, entre nous, à l’oral. Des trucs genre « la Nature est bien faite », « la protéine ne veux pas se solubiliser »… et personnellement, je dis souvent dans un cadre absolument pas formel : « ma protéine est contente avec ce milieu » au lieu de dire (avec un air pompeux) : « la protéine est soluble dans le milieu X ». Bienvenue dans le monde merveilleux de la science !

        Amicalement

      • La vulgarisation est très difficile et peut devenir dangereuse, si pour simplifier une explication, tu utilises des faits faux simples ou qui ne reflètent en rien la réalité.
        Généralement, ces petites faussetés explicatives apparaissent lorsque l’on a soi-même pas correctement compris la chose simple.
        Je le retrouve quasiment tout le temps pour chaque vulgarisation du domaine astro. (et là c’est plutôt le mien de domaine)

        Pour en finir, j’aime à reprendre Boileau qui disait, il y a 400 ans :
        “Ce que l’on conçoit bien s’énonce clairement, et les mots pour le dire arrivent aisément.”

        Vérité spirituelle…impossible à démontrer scientifiquement pourtant !
        😉

        Amicalement
        Gus

      • Je suis d’accord que la vulgarisation est difficile, et peut être dangereuse dans le sens où elle peut modifier la réalité, c’est notamment la raison pour laquelle la théorie de l’évolution est pratiquement toujours mal comprise par les gens qui y croient et complètement remise en cause par un nombre toujours plus grands de septiques. Mais la vulgarisation passe aussi par une reconnaissance des sciences par le grand public, même si parfois la réalité est déformée, le journaliste n’a parfois pas le choix.

        Je te remercie de considérer que je suis un mec qui ne comprend pas les petites choses simples de mon domaine. Quand à la citation de Boileau, je suis entièrement d’accord avec ça.

      • Ne me remercie pas de considérer que tu es un mec qui ne comprend pas TOUTES les petites choses simples de ton domaine.

        Cela reflétera plus la réalité de ce que j’en pense !
        🙂
        Amicalement
        Gus

    • Bonjour Del Poyo,

      En cette mâtiné magnifique, où mon œil gauche attend encore l’ouverture de mon œil droit, je découvre avec une agréable surprise, ta réponse, longue et complète sur ce débat passionnant.
      C’est assez surprenant, mais dans l’ensemble, nous ne nous décevons finalement pas tant que ça !
      En effet, nous sommes plutôt d’accord sur de nombreux points.
      Certes, quelques finalités restent opposées, et je vais faire le point à ce sujet.

      « Première erreur justement : la protéine n’est pas un objet vivant. »
      => Commencer par conclure que la protéine n’est pas vivante alors que c’est le sujet du débat aurait pu clore directement celui-ci ! Petit coquin ! 🙂

      « C’est ce que j’essaie de te dire. La protéine n’est qu’un « objet », une molécule. Ce n’est qu’un ensemble d’atome. Si tu donnes une conscience à une molécule protéique, pourquoi ne pas en donner à un lipide ? Après tout, les lipides sont les constituants des membranes plasmiques.  »
      =>Oui effectivement, pourquoi pas.

      « Et puis pourquoi pas la cellulose aussi, après tout, la cellulose est le composé #1 dans le monde du vivant (la paroi végétale est constituée de végétale). Si je ne me trompe pas, la cellulose est le composé organique présent en plus grande quantité sur Terre. C’est une molécule DU vivant (j’insiste sur le « du » dans le sens où elle est issue de celui-ci).  »
      =>On est d’accord, la cellulose, peut rentrer dans cette définition du vivant, suivant ce que je définis du vivant.

      « Le papier est un objet inerte (en opposition à vivant comme tu l’indiques dans ta citation plus haut), je pense qu’on sera tous d’accord là-dessus. Le papier, c’est de la cellulose, elle même molécule essentielle dans la composition des parois végétales, qui font partie intégrante d’un être vivant. »
      =>Et c’est là qu’est l’erreur, car le papier est une transformation du vivant en inerte. Cela ne rend pas le papier vivant. Je ne connais pas de papier à l’état naturel !
      Où plus exactement, je ne vois aucune cellulose qui dans son intention, façonne du papier dans la nature.

      « Tout ça pour dire, les protéines ne sont que des objets, moléculaires, certes, mais des objets. Donc dénuées de conscience (dans le sens où on les considéreraient comme des être vivants à part entière).
      Pour ce qui est de la définition de ce qu’est la conscience, on partirait dans un tout autre débat.’
      =>Et c’est là aussi que ta conclusion n’en devient pas une, mais est juste une réédition de ta croyance.
      Le donc dans ta phrase n’est lié à aucune cause qui l’engendre (« donc dénué de conscience »).
      A moins que tu démontres qu’un objet moléculaire n’est pas vivant, telles qu’une protéine, tu ne peux dire qu’une protéine n’est pas consciente.
      Il n’y a pas de débat à avoir sur la conscience. Puisque l’on doit être d’accord tous les 2, pour dire que l’on parle bien de la conscience de soi lorsqu’on l’évoque.
      D’après la définition de la vie (où du vivant) que je t’en ai donné au précédent post, tout objet vivant, est donc conscient de soi, a une évolution de soi, et par conséquent à une intention.
      En ce sens, toi vivant, est une composition d’un immense agencement de choses vivantes plus petites, lesquelles sont aussi une composition de choses vivantes plus petites. Et leur intention respective est bien de créer un objet tout aussi vivant, toi.
      Pour toi, c’est l’inverse.
      Tu sembles vouloir être une personne vivante composée d’un immense agencement de choses vivantes, elles-mêmes composées de plus petites choses inertes….
      Le vivant naitrait donc de l’inerte.
      Pourtant, c’est quand même plutôt l’inverse de ce que l’on observe en chimie dans le rien ne se perd, rien ne se créé, tout se transforme.
      Et c’est bien cette transformation du vivant qui rend les choses inertes.

      « Alors maintenant c’est moi qui vais te décevoir encore. »
      =>En fait, j’ai bien l’impression que l’on ne se déçoit pas et qu’au contraire, on apprécie tous les 2, fortement le débat 🙂

      « Il n’existe aucune définition du vivant officielle, arrêtée et validée par l’ensemble de la communauté scientifique. C’est ce qui rend la frontière toujours aussi flou entre vivant ou non-vivant. Je te rappelle que les 8 principes que tu m’énonces sont sortis tout droit (copier-coller, donc j’imagine que tu le sors de là) d’un article de Wikipedia (que je ne remets pas en cause, attention !) dans un chapitre intitulé « Tentative de définition » (https://fr.wikipedia.org/wiki/Vie_artificielle#Tentatives_de_d.C3.A9finition).  »
      =>Tout a fait, et ce chapitre est tiré justement d’un sujet tout aussi délicat: la vie artificiel.
      Toutefois ces 8 principes, en ce qui concerne la définition du vivant, englobent les nouvelles avancées technologiques, lesquelles sont susceptibles d’ouvrir un autre pan du vivant (IA, robotique, informatique…etc)
      Je valide ces critères qui ont tout de même 26 ans, car je n’en ai pas trouvé de mieux, même à l’heure actuelle.
      Les dernières tentatives de définitions pour l’ensemble du vivant, à ma connaissance, datent de 2006 et réunies Philippe Ascher, Étienne-Émile Baulieu, Alain Berthoz, Pierre Boistard, Alain-Michel Boudet, Jacques Bouveresse, André Brack, Pierre Cartier, Jean-Pierre Changeux, Bernard Chevassus, Claudine Cohen, Claude Combes, Vincent Courtillot, Antoine Danchin, Jean Dénarié, Bernard Dutrillaux, Anne Fagot-Largeault, René Frydman, Jean Gayon, Gilles Gaston Granger, Gilbert Hottois, Olivier Houdé, Louis-Marie Houdebine, François Jacob, Marc Jeannerod, Sylvie Joussaume, Roland Jouvent, Michel Jouvet, Axel Kahn, Pierre Karli, André Langaney, Bernard Mazoyer, Daniel Metzger, Jean-Claude Mounolou, Daniel Parrochia, Alain Prochiantz, Jean-Paul Renard, Bernard Roques, Serge Stoléru, Jean Weissenbach, lesquelles donnent leurs conclusions dans le livre: « qu’est-ce que la vie »
      Pourtant leur conclusion ne s’éloigne pas de celle de Farmer, datant de 1990.

      « Et c’est là où je veux en venir. Il n’y a pas de définition précise, et celle que j’ai donné dans mon précédent post, est la plus large et la plus adaptée qu’on puisse avoir aujourd’hui. Elle est certainement incomplète, peut être fausse, mais évoque des concepts que tout le monde s’accorde à donner au vivant. Je précise d’ailleurs que ce que j’ai dis regroupe la plupart des 8 points que tu présentes. Je suis d’ailleurs assez d’accord avec ces 8 points, mais dans la forme, je trouve leur énoncé trop précis. Déjà, le 1 est plus que douteux, fondé sur rien. »
      =>Rappelons le 1) pour ceux et celles qui osent encore nous lire (ih ih ih)
      1- La vie est une structure dans l’espace-temps, plutôt qu’un objet matériel spécifique.
      Fondé sur rien ? outre me définir ce qu’est « rien », je ne vois pas où le bas blesse ici.
      Mais je vais essayer d’étayer cette phrase.
      Pourquoi une structure dans l’espace-temps plutôt qu’un objet définit ?
      Simplement parce qu’on ne sait toujours pas les besoins qu’a le vivant pour être. Je m’explique.
      L’homme est un objet vivant bien définit dans sa forme. Cependant sa forme vivante finie englobe une multitude de petites choses finies elles-aussi. Et tout ce petit monde emploie pour exister, une chose infinie (pour elle), l’énergie.
      Dès lors, chacun est d’accord pour dire que si tu supprimes l’énergie, tu supprimes la vie.
      Est-ce que l’énergie est un objet matériel ? non.
      Est-ce que l’énergie est une structure dans l’espace temps ? oui (pas pour moi, mais c’est un autre débat)
      La définition 1) est donc plus précise que tout autre définition de la structure du vivant, car enfin, elle caractérise bien l’ensemble de ce qui rend une chose vivante, à savoir sa composition, mais aussi l’énergie usitée.

      « Le 2 et le 3 se rejoignent, ça correspond à ce que j’ai dis : la reproduction. Le 4, le 5 et le 7 sont justes, ils ne sont que le reflet de ce qu’impliquent un milieu interne vs. un milieu externe. Le 4 correspond un peu à ce que je dis quand j’écris maladroitement « capable de s’entretenir ». Dire qu’un être vivant a un milieu interne implique beaucoup de choses, ces points ne font que les détailler. 6 : oui, ok. 8 : effectivement, je n’en ai pas parlé pour simplifier la définition, mais il faut savoir que le critère « le vivant est soumis aux lois de la sélection naturelle » est aujourd’hui plutôt bien admis dans la communauté. »
      =>En résumé, tu es d’accord sur les 8 critères de définition de la vie de Farmer.
      Quant à la sélection naturelle, si tu oses me parler de Darwin, alors tu oses me parler de hasard !
      Je te réponds tout simplement et comme je l’ai déjà fait plus haut : montre moi la sélection naturelle dans l’apparition du flagelle bactérien. Car là, il va t’être plus dur de me montrer que quelques molécules inertes, s’agencent dans un mécanisme compliqué afin de développer un mode de déplacement type moteur hors bords, dont l’axe de rotation du flagelle carbure à 100 000 tr/min, puis par sélection naturelle ou hasard, le mettre en place sur chaque bactérie….l’est où Darwin là ?
      Pour ma part, il n’y a aucune place au hasard dans la vie. D’ailleurs le mot hasard, chance… semble avoir été inventé par les scientifiques, dès lors qu’ils ne comprennent pas une chose dans son ensemble.

       » Tout ça pour dire 1) tu ne me déçois pas, 2) il n’existe pas de définition universelle et finie du vivant, 3) la définition que j’ai donné n’est pas aussi divergente de celle de Farmer et 4) quoique tu en dise, le virus est toujours en débat. Notamment pour une raison, quelque soit la définition que l’on souhaite adopter, on pourra toujours se demander si les critères listés sont nécessaires ou suffisants. J’entends : si un « objet » répond à tous les critères sauf un, doit-il être rejeté de la catégorie « vivant » ? »
      =>Et je suis entièrement d’accord avec toi.
      Surtout que le critère du 4) n’en ai pas vraiment un pour le virus, puisqu’il se débrouille et trouve un moyen pour remplir cette fonction différemment. En cela, il est donc capable de remplir le critère du 4) !
      D’ailleurs, c’est juste le verbe ‘possède’ qui gêne ici. On pourrait ajouter dans ce critère :Un être vivant possède ou ASSIMILE un métabolisme qui convertit la matière ou l’énergie de l’environnement dans les formes et les fonctions utiles à l’organisme.

      « D’un point de vu purement personnel, je suis convaincu que notre définition du vivant sera toujours mouvante et toujours à débat, à moins d’en définir une norme une fois pour toute. En effet, la Nature ne différencie pas les objets inertes des objets vivants. Une quelconque frontière réelle et nette, pour moi, n’existe pas. C’est mon point de vu, absolument dénué de sens scientifique. »
      =>Je vais carrément plus loin, mais abonde dans ton sens.
      Je pense que le vivant touche l’énergie….. pour te dire ^^

      « Et ainsi, pour revenir sur la question des virus : je considère qu’ils sont vivants, en ça qu’ils remplissent quasiment l’intégralité des critères. Ils évoluent, sont soumis aux lois de la sélection, ils sont capables de se répliquer (pas tout seul, certes), ils possèdent des structures complexes (membranes, ADN/ARN, protéines etc). Ils possèdent même la capacité de disparaître, jusqu’à n’être réduit qu’à de l’information génétique, avant de « renaître » des années plus tard. C’est une capacité d’adaptation ultime, le parasite parfait. De plus, je précise que les protéines virales sont surement parmi les plus ingénieuses (non pas qu’elles ont un cerveau ingénieux, mais plutôt que les mécanismes de fonctionnement de ces protéines sont vraiment des bijoux d’ingénierie !). Cette merveille biologique est, à mon sens, le vivant sous une forme peu intuitive pour nous. »
      =>Euh…ben non…rien à dire 🙂
      C’est pénible lorsque l’on est d’accord, on a plus rien à dire …:)

      « Bref, donc désolé de te décevoir : la science n’ayant pas de vraie définition du vivant, le débat n’est pas scientifiquement clos.
      J’ai pas compris qu’est-ce que spirituellement ne vaut pas un clou ?? »
      =>Je crois maintenant qu’on peu laisser la déception de coté et reconnaitre qu’on aime bien ce débat.
      En ce qui concerne le spirituel ce serait un énorme et long débat que d’en parler véritablement ici. Surtout que ce n’est pas le sujet du billet, ni celui du débat sur la cause.
      Tout ce que je peux dire, c’est que la science ne pourra plus avancer sans la spiritualité.
      Je sais que tu es déçu, car cela ne t’apporte pas plus de réponse à ta question.
      Mais pour faire très simple, prenons un exemple: La science avance sur la compréhension de la Nature par étape. Chaque étape amène à une nouvelle étape et par conséquent à de nouvelles interrogations.
      Cependant, chaque étape précédente a été définit, mise en équation. L’étape suivante ne s’amuse donc plus à chercher si les postulats de l’étape d’avant sont correctes, inviolables…etc
      Toutefois si l’étape suivante amène la communauté scientifique dans l’impasse, ou une contre observation, alors plutôt que de revenir aux étapes précédentes, puis précédentes puis…. afin de chercher où est l’erreur, la communauté scientifique préfère toujours s’appuyer sur ce qu’elle croit connaitre et rajoute des rustines afin de coller aux mieux à la réalité.
      Cette logique spirituelle lui fait donc défaut et la fait par conséquent dévier de la simplicité de ce qu’est la Nature.
      Il existe de nombreux exemples en astro-nomie/physique, en thermodynamique….
      Bien sur ici ,ce n’est qu’une partie infime d’une tentative simplifié d’explication du coté spirituel.
      Toutefois, ce débat peut être très agréable à avoir.
      Et pour mettre un peu de piment je conclurai par;
      « Au commencement fut l’énergie. Celle-ci créa la matière, la matière créa le vivant, le vivant amena la conscience dans la matière, la conscience n’est qu’énergie, chaque être vivant est donc le commencement. »
      Voila le coté spirituel que tout scientifique devrait avoir 🙂

      Dans l’amicalité de te lire très vite ^^

      Gus

      PS : on est d’accord que tes 8 critères de définition du vivant prouve qu’une protéine n’est pas vivante :p
      Vi, on est d’accord, d’après cette définition.
      Mais ça vaut toujours pas un clou spirituellement !
      😉

      • Salut GG,

        Bon, je vais essayer de faire court pour ne pas trop pourrir les commentaires du blog de David…

        Qu’a-t-on à retenir de ce débat ? Il serait peut être bien de revenir à ce qui l’a lancé. Tout est parti d’une tournure de phrase en apparence anodine : la protéine décide. Ce que tu as utilisé pour rebondir et énoncer ton idée plus spirituelle du vivant. Et en fait on touche au coeur du débat : ta vision du vivant. Selon la définition du vivant que tu me donnes, en 8 critères, qui, si j’ai bien compris, est une définition qui te convient, la protéine n’est pas un être vivant. Cependant, tu as une vision plus spirituel de ce qu’est le vivant. Et c’est tout à ton honneur. Mais cela n’a aucun fondement scientifique. Les sciences ne prennent pas en compte le spirituel. C’est ce qui fait que la Science est la Science.

        Il n’y a pas de débat à avoir lorsque je te dis qu’une protéine, ou tout autre molécule organique, n’est pas vivante, ce n’est qu’un objet inerte. Attention : tu veux y voir une source vitale d’énergie, ok. Mais la science, aujourd’hui, selon la vision que le monde actuel a du vivant, ne considère pas les macro-molécules comme des êtres/objets vivants. Pour reprendre ta contre-argumentation sur la cellulose et le papier. Tu ne sembles pas avoir une vision de ce qu’est réellement le monde des molécules. La cellulose est une chaîne de glucide : le glucose. Cet assemblage de glucose est le principal constituant de la paroi végétal. Le papier, c’est pareil, sauf que la cellulose, pour faire simple, purifiée. Donc, tu as toujours les mêmes assemblage de glucose. Si tu considères une molécule comme représentative du vivant dans une situation donnée, pourquoi tu ne considères pas cette même molécule de la même manière dans une autre situation ? Et là on touche à une question scientifique. La logique veut que si la molécule est inerte dans le papier, il n’y a pas de raison qu’elle ne le soit pas dans la paroi végétale.

        Donc oui, les connaissances actuelles en science disent cela : si on regarde dans nos cellules, si on regarde les mécanismes moléculaires qui permettent à une cellule de fonctionner, tout est régis par des lois biochimiques, physiques, thermodynamiques, tout cela est issu d’un matériau de base inerte. Et pourtant, la science nous dit aussi qu’un organisme complexe montre une autre facette du vivant. Oui, le vivant vient de l’inerte. Voici ce que la science peut dire aujourd’hui, ni plus ni moins (où ? comment ? pourquoi ? on peut rien dire). La source d’une énergie vitale qui anime tes petites molécules ? Crois-y si tu veux, mais scientifiquement, il n’y a pas de débat là-dessus. Il y aura un débat, le jour où il y aura des preuves qui, selon la logique, nous permettra d’envisager cela. Et cette vision que tu as qu’une molécule puisse être porteuse d’une source du vivant montre bien, à mon avis, de ta méconnaissance du domaine de la biologie moléculaire, biochimie, chimie et biologie cellulaire.

        Quand à la théorie de l’évolution, et l’apparition du flagelle. Il est clair, pour toi, que le processus de sélection naturelle n’est pas à l’origine de cette structure. Ce qui signifie que tu lui loues donc surement une inspiration divine, ou en tout cas spirituel. En aucun cas le fruit du hasard de la Nature. Et ça revient à ce que j’ai dis dans le poste un peu plus haut : la théorie de l’évolution est mal connue par les gens, mal comprise et trop souvent déformée. Même dans la communauté scientifique (biologiste j’entends), les non-spécialistes de l’évolution l’interprètent souvent mal. Je t’invite à lire le très bon ouvrage « Guide critique de l’évolution », passionnant.

        Tu noteras que je ne rentre pas dans le débat spirituel, je pense, honnêtement, qu’il n’a pas sa place dans un débat scientifique. Les sciences font appel aux faits et à la logique. Non pas que je ne veuille pas parler philosophie avec toi, mais le blog s’appelle Science Etonnante, et nous sommes ici pour parler science avant tout.

        Dernier ajout : la science accorde des définitions précises à certains mots. Souvent, le discours spirituel ou philosophique (aussi louable soit-il !) entre dans le débat (ou en concurrence dans certains cas) avec le discours scientifiques. Les différents discours se trouvent alors confronté à un problème qui rend souvent le débat stérile : la terminologie. Je m’explique. Les détracteurs de la théorie de l’évolution utilisent souvent l’argument que ce n’est qu’une théorie. Dans le sens qui lui est souvent donné, c’est-à-dire une spéculation non étayée : « ah tiens, Roger, j’ai une théorie : si les femmes sont moins fortes que les hommes, c’est qu’elles sont moins intelligentes aussi ». Or, « théorie » a une signification bien précise en science, qui n’a rien à voir avec le sens communs. Dans toute opposition (dans le sens : débat, discours argumenté, échange d’opinions) entre discours scientifique et discours philosophique ou spirituel, on est confronté à ce genre de problème terminologique. Il faut être conscient de ça.

        Et j’ai l’impression que c’est ce qui s’est un peu passé là. Mon discours scientifique s’est confronté à ton discours spirituel (et inversement donc).

        A+
        DP

  4. Toujours interdites en France, les farines animales de catégories 3 (cad issue de l’abattage d’animaux jugés sains) ont été réintroduites par la commission européenne en 2013 pour l’alimentation des poissons d’élevage, à la condition que ces farines ne soient pas des farines de poisson mais issues de sous-produits de volailles et de porcs (pour éviter le prb de cannibalisme évoqué dans la Vidéo).

  5. Il me semble avoir lu que si l’on prenait en considération les modifications au niveau pré-traductionnel et post-traductionnel l’estimation du nombre de protéines différentes produites par l’organisme était plus proche de plusieurs millions que du milliers. Par exemple pour le seul gène DSCAM les chercheurs ont identifié plus de 38 000 transcrits ARNm différents chez la drosophile donc en théorie après traduction 38 0000 protéines différentes, or ce gène se trouve aussi chez l’homme. Et puis il y a aussi les anticorps où là les chercheurs estiment à plus de 10^13 anticorps différents à être générés par l’être humain.

  6. en fait bcp de commentaires insistent sur le cannibalisme, sans doute avec un rien de morale derriere, (les méchants cannibales, les méchants qui rendent les vaches cannibales etc…) mais en fait il s’agit juste de la similarité d’un type de protéines entre mammifères. La morale n’a rien a voir la dedans (sauf si on se met a croire en un grand plat de spaghettis volant ordonnateur d’un grand tout qui aurait rendu le cannibalisme dangereux avec cette histoire de similarité de protéines…)

  7. Merci beaucoup pour cette vidéo et l’article qui va avec, c’est très intéressant.
    Juste deux petites questions/ remarques comme ça: il me semblait que l’infection de la variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob sur l’homme était due à l’ingestion de dérivés bovins à risque comme le cerveau et la moelle épinière; de même, la maladie de Kuru touchait beaucoup plus les femmes et les enfants notamment parce-que, contrairement aux hommes, ils consommaient le cerveau des morts. Cela me semble logique puisque la multiplication de prion se fait dans le cerveau, mais j’aurais aimé connaître votre avis sur la question. Je suis tombé sur ces deux sites qui en parlent, ils m’ont l’air sérieux, mais je ne suis pas spécialiste de la question:
    http://www.caducee.net/Droit-Sante/DroitSante/creutzfeldt-jacob.asp
    http://www.creutzfeldt-jakob.aphp.fr/gp_info_3form_sympt.htm

    Par ailleurs la tremblante du mouton a été diagnostiqué dès le 18em siècle (1732 d’après Wikipedia), sans qu’il y ai eu contamination à l’homme. Néanmoins, j’ai lu que l’encéphalite spongiforme bovine venait du fait que des bovins aient été contaminé par des abats de moutons atteint de la tremblante du mouton.

  8. Très intéressant (et inquiétant!). La partie sur l’accumulation de fibres dans le cerveau fait évidemment penser à Alzheimer: des pistes là-dessus? Autre chose: vu le temps d’incubation, sait-on si cela peut se transmettre de mère à enfant?

  9. J’adore vraiment ce que vous faites…et la façon dont vous envisagez la vulgarisation scientifique… Bravo, également pour votre livre…

    Pour ce qui concerne… la vache folle et ses conséquences : sans entrer dans une scientificité que je ne revendique pas et que d’autres commentateurs ont ici plus que moi, je suis stupéfait de lire sous votre plume que pour confirmer « l’hypothèse PRION » on a « purifié » une molécule , et on l’a inoculé à un (ou plusieurs…!) animal sain pour voir s’il allait en mourir…! Même avec de bonnes intentions, la cruauté scientifique (envers les animaux) est immense et sidérante (!), puisqu’évidemment, on n’oserait pas en faire de même avec des humains (sauf, peut-être, ces histoires de médecins nazis).

    En toute confidence, la crise de la vache folle est ce qui m’a déterminé, à la fin des années 1990, à devenir végétarien… Bon, et puis maintenant, outre les raisons scientifiques, diététiques, sanitaires, s’y sont rajoutées des raisons écologiques (nombreuses) et même, morales et/ou spirituelles qui me conduisent, petit à petit, vers un végétalisme, voire un véganisme plus ou moins strict.

    Je suppose que la plupart des lecteurs ici, ont visité, ou travaillent dans des laboratoires… Avez-vous déjà visité un ou des abattoirs, et savez-vous vraiment comment souffrent, et comment meurent, les animaux qui se retrouvent dans votre assiette ou dans les produits que vous utilisez pour être…. (OU PARAÎTRE…!) plus beaux…(et donc?) plus intelligents…??!!

    • Arf… Bonjour Bertrand,

      Ton intervention est intéressante, néanmoins je crois qu’elle n’a pas lieu d’être en dessous d’un billet comme celui-ci.

      En effet, je crois qu’il est nécéssaire de bien savoir séparer (et ce, même dans les commentaires d’un billet de vulgarisation scientifique) les démarches scientifiques qui se veulent rigoureuses et objectives, de tout avis politique ou moral (pouvant être qualifié, par définition, de subjectif).

      Je crois qu’il est important de le rappeler au vu du débat ci-dessus. Il est clair que certains seront tentés de justifier la  »conscience » d’une protéine par une force quelconque, ou je ne sais quel entité immatérielle… Contentons-nous d’examiner les FAITS OBSERVABLES, plutôt que ceux que l’on se limite à supposer.

  10. Bonjour, j’ai appris lors de mes études (pharmacie) que lors de la digestion, les enzymes et sucs clivent les liaisons protéiques pour n’absorber finalement que les acides aminés. C’est l’organisme qui mobilise les acides aminés nécessaires à la traduction des ARNm en protéines. C’est d’ailleurs pour cela que l’on ne prend jamais des protéines thérapeutiques par voie orale. Le prion mal replié dans le cerveau d’un malade se fait-il absorber par le cannibale sous cette forme ???
    AS

  11. Est-il envisageable que, plutot qu’une periode d’incubation a proprement parler, la maladie ne se declare qu’une fois les conditions devenues « favorable »?
    On voit qu’un des facteurs principaux qui permet de differencier la maladie de Creutzfeld Jacob du Kuru, c’est la moyenne d’age des personnes atteintes. Si des predisposition genetiques sont a prendre en compte, on peut imaginer un scenario ou l’age joue un facteur important, et ou les personnes naturellement predisposees au Kuru contractent la maladie rapidement, pendant que les personnes plus resistantes vont rester saines jusqu’a une fragilisation suffisante due a leur age.
    Si cela venait a etre le cas pour la maladie de la vache folle, l’age des personnes atteintes ferait potentiellement passer la maladie pour un simple cas de CJD spontane.
    D’ailleurs, quelle que soit la raison (periode d’activite ou longue incubation), si un jour de nouveaux cas emergaient, environ dans la meme echelle que l’epidemie d’origine (quelques dizaines de cas repartis sur plusieurs pays), seraient-on capable de les discerner du CJD ?

  12. La cause, serait que l’esprit humain refuse de voir la cause première de l’esprit qui refuse de dire « Prions que le PrP se replie bien, comme pour l’eau influencée par un professeur japonais par des prières pour qu’elle forme des étoiles de glace plus belle que lorsque l’on ne prie pas ! »

    « DITS-EU » demande que nous commencions d’abord par dire toute réalité parfaite…, et même plus que parfaite, au lieu de partir à des fêtes en espérant que d’autres nous savent de nous-même !

    Jeune, ce n’est qu’en arrêtant de me biler et en travaillant sur moi-même que j’ai fini par me débarrasser d’un staphylocoque doré tenace (http://www.rtflash.fr/resistance-antibiotiques-defi-mondial/article)

  13. Pingback: Vache folle & Prions — Science étonnante #26 - Blog NSellier TV

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