L’Eve mitochondriale et l’Adam Chromosome Y

6 mai 2016

Quelques précisions et références comme d’habitude :

Sur le fait que le chromosome Y ne subit pas de recombinaison génétique…ça n’est pas tout à fait vrai ! Il existe de petites régions homologues entre les chromosomes X et Y et dans lesquelles une recombinaison peut avoir lieu. Ces régions dites « pseudo-autosomiques » ne concernent que quelques % du chromosome Y (Voir par exemple Pseudoautosomal regions)

Sur la datation de l’Eve mitochondriale et de l’Adam Chromosome Y, voici une référence relativement récente :

Poznik, G. D., Henn, B. M., Yee, M. C., Sliwerska, E., Euskirchen, G. M., Lin, A. A., … & Bustamante, C. D. (2013). Sequencing Y chromosomes resolves discrepancy in time to common ancestor of males versus females. Science, 341(6145), 562-565.

Tout en sachant que les estimations peuvent varier si de nouvelles études plus précises sont conduites. En particulier le fait d’inclure un échantillon plus représentatif de la population humaine actuelle peut amener à réviser l’estimation (généralement en reculant dans le passé la datation de l’Adam ou de l’Eve). Mais autre facteur d’erreur, c’est l’estimation du taux de mutation sur le chromosome Y et les mitochondries. Sur ce point, la référence sur laquelle je me suis basée est celle-ci :

Helgason, A., Einarsson, A. W., Guðmundsdóttir, V. B., Sigurðsson, Á., Gunnarsdóttir, E. D., Jagadeesan, A., … & Stefánsson, K. (2015). The Y-chromosome point mutation rate in humans. Nature genetics, 47(5), 453-457.

On y trouve que le taux de mutation est de l’ordre de 0.7 sur 1 milliard par position et par an. Pour une génération (disons 25 ans) et à la louche 50 millions de bases sur le chromosome Y, on tombe sur le chiffre de en gros 1 mutation par génération sur le chromosome Y. J’insiste sur le « en gros », car je n’ai pas creusé ce point. Dans la vidéo mon idée était surtout de donner un ordre de grandeur de ce taux de mutation. Notamment il existe des études sur le fait que le taux de mutation ait pu varier au cours du temps.

Sur l’ancêtre commun le plus récent, indépendamment de la lignée (paternelle ou maternelle), la publication suivante aborde la question sous l’angle de la modélisation statistique :

Rohde, D. L., Olson, S., & Chang, J. T. (2004). Modelling the recent common ancestry of all living humans. Nature, 431(7008), 562-566.


Vache folle et prions

25 mars 2016

Cette semaine, je vous propose une fois de plus une vidéo de bio, qui parle des maladies à prions.

Sur ce sujet relativement récent, j’ai dû assez souvent retourner aux publications scientifiques d’origine, et je voudrais donc ici revenir sur quelques points et apporter plusieurs précisions. Lire la suite »


Qu’est-ce qu’une couleur ?

29 février 2016

Une petite vidéo sur un thème en apparence simple, mais qui cache quelques subtilités ! Notamment quand on commence à comparer notre perception de la lumière et celle des sons…

Lire la suite »


Modifier le génome avec CRISPR/Cas9 [Vidéo]

31 octobre 2015

Une petite vidéo sur ce sujet qu’il me parait indispensable de faire connaitre au plus grand nombre…

Pour une fois, vous remarquerez que ça n’est pas un sujet que j’avais déjà traité sur le blog !

Je n’ai pas beaucoup de compléments à ajouter à la vidéo, à part un truc un peu étonnant que j’ai compris sur le tard, c’est que les palindromes…n’en sont pas ! Il m’a fallu retourner à la toute première publication de 1987 (voir [1]) pour m’en rendre compte, mais si j’ai bien compris on parle de séquence ayant en fait une symétrie « dyadique », c’est-à-dire que quand on les lit à l’envers, on retrouve ne retrouve pas les mêmes bases mais leurs complémentaires.

Par exemple puisque A et T sont complémentaires ainsi que C et G, la séquence

AGGCGCCT

possède une symétrie dyadique : les 4 premières bases (AGGC) sont complémentaires des 4 dernières lues à l’envers (TCCG). Comme les deux séquences sont complémentaires, leurs transcriptions ARN peuvent s’apparier pour former une sorte d’épingle à cheveux. Lire la suite »


L’intolérance au lactose est-elle une maladie ? [Vidéo]

15 juin 2015

La vidéo du jour nous parle de l’étonnante histoire génétique de l’intolérance au lactose.

Je profite de ce billet pour revenir plus en détail sur le cas de la carte de la tolérance, que je vous remets ci-dessous.

06-carte

Lire la suite »


Les cellules souches induites par reprogrammation [Vidéo]

4 mai 2015

Ma dernière vidéo sur la chaîne traite des cellules souches induites et de leur découverte par le prix Nobel japonais Shinya Yamanaka. On a dépassé les 5000 abonnés sur la chaîne, un grand merci à tous !

Lire la suite »


Le libre-arbitre existe-t-il ? [Vidéo]

23 mars 2015

Nouvelle vidéo, sur un thème que j’avais déjà traité en billet : le libre-arbitre !

Lire la suite »


Suivre

Recevez les nouvelles publications par mail.

Rejoignez 17 861 autres abonnés