Glyphosate : le nouvel amiante ?

Cela fait maintenant de nombreuses semaines que la Commission Européenne peine à se mettre d’accord sur le renouvellement — ou pas — de l’autorisation du glyphosate, cet herbicide largement utilisé, et commercialisé depuis 1974 par Monsanto sous l’appellation Round-Up.

Les batailles d’influence font rage, expertises et contre-expertises se succèdent, et comme le soulignent plusieurs titres de presse, l’affaire ressemble de plus en plus à un précédent de sinistre mémoire : celui de l’amiante.

Dans les deux cas on retrouve les mêmes ingrédients :

  • Un produit massivement utilisé par des professionnels, qui se retrouvent de fait fortement exposés (les agriculteurs pour le glyphosate, et les ouvriers travaillant dans le secteur de l’amiante)
  • Un lobby industriel puissant ayant un intérêt financier considérable à ce que le produit ne soit pas interdit.
  • Des batailles d’influence concernant le caractère cancérigène des produits.

Le parallèle semble saisissant, non ? Alors pourquoi n’arrive-t-on pas à faire interdire le glyphosate ? Faisons une comparaison quantitative.

Le cas de l’amiante

Examinons un peu ce que l’on sait sur les dangers de l’amiante. Pour évaluer la dangerosité d’un produit, il existe plusieurs manières de procéder.

Une façon de faire est de réaliser des études sur des animaux, afin de démontrer le caractère cancérigène, et éventuellement d’en élucider les mécanismes. Par exemple on prend 2 groupes de rats, dont un que l’on en soumet à une exposition donnée au produit incriminé. Au bout d’un certain temps on compare les mortalités ou la survenue de certaines affections comme des cancers.

Dans le cas de l’amiante, on a évidemment fait ce genre d’études. (Pour les curieux, en voici par exemple une, très citée. Wagner, J. C., Berry, G., Skidmore, J. W., & Timbrell, V. (1974). The effects of the inhalation of asbestos in rats. British journal of cancer, 29(3), 252-269.)

En complément de ces études en laboratoire, une autre manière de procéder, c’est de faire de l’épidémiologie : on prend des vrais humains ayant été vraiment exposés, et on étudie la surmortalité ou le risque de survenance accrue de certaines maladies. Il existe maintenant de nombreuses études de ce type sur les travailleurs de l’amiante (et elles sont d’ailleurs assez anciennes, les années 1980 et même avant).

Je ne vais pas tout exposer, mais juste pour illustrer de quoi on parle, je vais commenter une de ces études qui est relativement récente, très citée, et qui de plus est en accès ouvert

Yano, E., Wang, Z. M., Wang, X. R., Wang, M. Z., & Lan, Y. J. (2001). Cancer mortality among workers exposed to amphibole-free chrysotile asbestos. American journal of epidemiology, 154(6), 538-543.

Cette étude a suivi des travailleurs en Chine sur 25 ans (entre 1972 et 1996). Le groupe (qu’on appelle une « cohorte ») était composé de 1165 ouvriers. Parmi eux, 515 travaillaient dans une usine d’amiante, et 650 dans une usine voisine présentant des conditions de travail similaires, mais sans exposition à l’amiante. Ce second groupe présentait des caractéristiques socio-économiques identiques à celui des travailleurs de l’amiante, et sert donc de groupe « de contrôle ».

L’idée de l’analyse est de comparer la surmortalité dans le groupe « amiante », par rapport au groupe de contrôle. Et les chiffres sont terrifiants.

Sur les 515 travailleurs suivis dans le groupe amiante, 132 sont décédés pendant la période, soit une mortalité de 25 %. Sur les 650 du groupe de contrôle, seulement 42, soit 6 %. L’exposition à l’amiante a donc multiplié la mortalité par 4 !

Les résultats sont encore plus édifiants si on détaille les causes de mortalité (ci-dessous un extrait de l’article)

On peut noter :

  • 50 cancers du poumon chez les travailleurs « amiante » et 11 chez les travailleurs « contrôle ». On passe donc de 1,7 % d’incidence du cancer chez les travailleurs non-exposés à 6 fois plus chez les travailleurs exposés.
  • 38 maladies respiratoires non-malignes chez les « amiantes » contre 9 chez les « contrôles ». Une augmentation d’un facteur 4.
  • 2 cas de mésotheliome dans le groupe exposé (et aucun dans l’autre) ; il s’agit d’une forme rare de cancer quasi-exclusivement dû à l’amiante.

Bref la comparaison est sans appel. De façon générale, on voit que les travailleurs de l’amiante ont une probabilité 4 à 6 fois plus importante de développer un cancer par rapport au groupe de contrôle. C’est ce qu’on appelle le « risque relatif ».

Et même si je ne présente ici qu’une seule étude, la taille des groupes d’étude est suffisamment importante pour qu’on soit assurés qu’il ne s’agit pas d’une fluctuation statistique. Bien évidemment il y a eu plein d’autres analyses de ce genre, allant toutes dans le même sens, avec des risques relatifs du même ordre de grandeur.

Glyphosate et cancer

Passons au cas du glyphosate. Si je vous parle de cela aujourd’hui, c’est qu’il y a quelques jours, une étude épidémiologique vient d’être publiée concernant les liens entre glyphosate et incidence du cancer chez les agriculteurs. Et il s’agit probablement de la plus grosse étude épidémiologique de ce type à ce jour.

Le gros avantage des études épidémiologiques, par rapport aux études in vivo sur des animaux, c’est qu’elles sont aussi proches que possible de la vraie vie : c’est le produit complet (pas juste la molécule active) dans son environnement réel.

L’étude est en accès libre, et comme il s’agit d’une étude épidémiologique, elle reste relativement facile à lire (c’est surtout des statistiques), je vous conseille donc d’aller y faire un tour.

Glyphosate Use and Cancer Incidence in the Agricultural Health Study 
JNCI: Journal of the National Cancer Institute, djx233, https://doi.org/10.1093/jnci/djx233

Mais avant de commencer, les vérifications d’usage.

L’étude est publiée dans un journal très sérieux : revue par les pairs, gros « impact factor » (12), ça ne suffit pas mais c’est un bon signe.

La directrice de l’étude (l’investigatrice principale Laura Beane Freeman) est une spécialiste de  l’épidémiologie de cancer chez les travailleurs exposés. Vous pouvez aller voir sa liste de publications. Elle a bossé sur des sujets similaires pour l’exposition au formaldéhyde, à l’arsenic, et récemment à d’autres types de pesticides dans l’agriculture. Pour reprendre la formulation de Tom Roud sur Twitter : « On a affaire à des gens qui cherchent (et trouvent) manifestement ces cancers ». (Tom Roud dont le tweet m’a d’ailleurs donné envie d’écrire ce billet)

Les financements sont tous d’origine publique, et aucun des auteurs n’a de conflit d’intérêt déclaré.

Bref, les signaux sont plutôt au vert pour l’instant.

Passons à l’étude. Il s’agit d’une étude épidémiologique sur plus de 20 ans de 54 251 agriculteurs travaillant en Caroline du Nord et dans l’Iowa. Une cohorte énorme, donc. (La cohorte AHS, Agricultural Health Study)

Parmi les agriculteurs de la cohorte, 9319 n’ont jamais utilisé de glyphosate, et vont donc servir de groupe de contrôle. Les autres (44 932 agriculteurs) sont le groupe qui a été exposé au glyphosate. Pour les deux groupes, les auteurs ont vérifié que les données socioéconomiques de base sont comparables (pyramide des âges, sexe, niveau d’éducation, tabagisme, consommation d’alcool, etc.)

Bien sûr, on s’imagine volontiers que le groupe « glyphosate » puisse être assez hétérogène, et contienne à la fois des agriculteurs l’ayant utilisé de façon ponctuelle, et d’autres de façon intensive. Pour chacun des agriculteurs, des questionnaires ont permis d’évaluer l’exposition au glyphosate (nombre de jours, d’années, et intensité de l’utilisation), et de segmenter le groupe « glyphosate » en 4 groupes de taille identique : Q1, Q2, Q3 et Q4, d’exposition croissante. Le groupe Q1 contient les 25 % les moins exposés, et le groupe Q4 les 25 % les plus exposés.

Durant la période de suivi, on a diagnostiqué au total 7290 cas de cancer pour le total des agriculteurs : 1511 cas dans le groupe de contrôle et 5779 dans le groupe « glyphosate », dont voici la répartition (extrait de l’article) :

Pour chacun des groupes, les auteurs ont estimé le risque relatif (colonne de droite), c’est-à-dire l’augmentation de la probabilité d’avoir un cancer par rapport au groupe de contrôle. Comme vous pouvez le constater, le risque relatif est essentiellement égal à 1, ce qui traduit l’absence d’augmentation de cancer du fait du glyphosate, et ce quelle que soit l’exposition.

Rassurant, mais ce genre d’analyse ne suffit pas ! Comme pour l’amiante, on soupçonne en effet que le glyphosate ait un mécanisme d’action spécifique qui conduise à favoriser certains types de cancer, en particulier les lymphomes non-Hodgkiniens, un type de cancer du système lymphatique.

Les auteurs ont donc calculé quel était le risque relatif associé à chacun des 22 types de cancer considérés : poumons, colon, rectum, pancréas, testicules, etc.. Je ne vais pas tout détailler, vous pouvez aller voir vous même la table n°2 du papier (il est en accès libre je rappelle)

Voici les chiffres pour les lymphomes non-Hodgkinien (nombre de cas et risque relatif estimé pour le groupe de contrôle « None » et les groupes Q1 à Q4)


Comme vous pouvez le constater, il n’y a pas d’augmentation de  l’incidence des lymphomes non-Hodgkinien chez les agriculteurs exposés au glyphosate, dans aucun des 4 groupes d’exposition. Et si on regarde les chiffres de la dernière colonne, on peut même lire que le risque relatif est inférieur à 1, ce qui semble suggérer que le glyphosate protège légèrement de ce cancer. Est-ce le cas ? Bien sûr que non ! Ce qu’on voit là est probablement un effet purement « statistique », du fait qu’on n’a qu’une centaine de cas, et donc des fluctuations inévitables.

Il existe une mesure de ce risque de fluctuation que l’on utilise dans toute étude statistique, la « valeur p » : c’est le chiffre que l’on trouve dans la dernière colonne en bas (0,95 dans le tableau ci-dessus). Plus ce chiffre est petit, plus le lien est robuste.

Sans rentrer dans les détails (ils sont dans ce billet), on considère par convention qu’un résultat est « statistiquement significatif », et qu’on a le droit de le publier, quand cette valeur est inférieure à 0,05. Mais si c’est inférieur à 0,01 voire 0,001, c’est encore plus robuste.

Si on explore la table n°2 de l’article dans son intégralité, on voit que pour aucun des 22 types de cancer on n’a d’effet avec une valeur p qui soit inférieure à 0,05.

Celui qui s’en rapproche le plus, c’est la leucémie myéloïde aigüe : 9 cas parmi les 9319 agriculteurs du groupe de contrôle (soit 0,10% des agriculteurs du groupe) et 57 cas chez les 44 932 agriculteurs utilisant du glyphosate (0,13% des agriculteurs du groupe). Est-ce significatif ? Pas à ce stade. La valeur p est 0.11, donc trop élevée pour conclure, mais suffisant pour en appeler à regarder spécifiquement ce type de cancer dans des études futures. Et ce sont précisément les derniers mots de la conclusion de l’article :

Que conclure de cette étude ?

Dans les paragraphes précédents, je me suis borné à rapporter les chiffres de l’étude. Je voudrais évidemment faire quelques commentaires personnels, qui sont à prendre pour ce qu’ils sont (et je me ferai fort de les compléter ou les amender si les commentaires de ce billet pointent des erreurs ou des incompréhensions de ma part)

Le principal message que je veux faire passer avec ce billet, c’est que quantitativement parlant, et en ce qui concerne spécifiquement le lien glyphosate/cancer, on est très très loin des chiffres de l’amiante. Les surmortalités associées à l’amiante sont gigantesques, et là pour le glyphosate, sur une cohorte de plus de 50 000 travailleurs exposés, on ne voit rien de significatif. La comparaison est donc totalement démesurée.

Et là on ne parle pas d’une étude en laboratoire sur un petit nombre de rats qu’on expose à des doses artificielles de glyphosate, mais d’une étude épidémiologique, en conditions réelles, sur une cohorte énorme.

Attention toutefois, comme toujours en sciences « l’absence de preuve n’est pas une preuve de l’absence ». Peut-être qu’en cherchant plus et mieux (c’est-à-dire avec une cohorte encore plus importante, des expositions encore plus grandes en durée et en intensité, des durées de suivi plus longues, etc.), on finirait par trouver des liens significatifs.

(Pour une discussion sur l’effet de la cohorte, voir cette série de tweets de Nathalie Jas qui suggère notamment que dans d’autres régions comme en Californie, les niveaux d’exposition puissent être encore plus importants)

Donc cette étude n’exclut pas qu’il existe un effet du glyphosate sur l’incidence de certains types de cancers, mais cet effet s’il existe ne peut pas du tout être du même ordre que celui de l’amiante. Si c’était le cas, avec une étude aussi massive que celle-ci, ce serait ressorti de façon gigantesque.

Autre critique potentielle, on peut imaginer que si on ne trouve pas de différence entre le groupe « glyphosate » et le groupe de contrôle, c’est que le groupe de contrôle utilise à la place d’autres pesticides dont l’effet cancérigène est identique à celui du glyphosate . Ca n’est pas à exclure et pour le montrer il faudrait faire une analyse par type de pesticide utilisé (ce qui doit être possible avec la cohorte AHS).

On pourrait imaginer comparer les agriculteurs à un autre groupe sans aucune exposition aux pesticides, mais cela devient difficile sur le plan statistique. Un exemple ? Au total, les agriculteurs ont en moyenne 30% de cancer en moins que la population générale. Pas parce que leur métier les protège, mais parce que le tabagisme est moins répandu chez les agriculteurs que dans la population générale (par ex. l’étude AGRICAN, qui est l’équivalent français de la cohorte AHS). Donc isoler des effets en comparant des groupes trop différents est délicat.

Autre précision évidente : on parle là des travailleurs exposés au glyphosate, pas de la population générale. Si les gens qui en manipulent massivement dans leur métier n’ont pas d’augmentation du risque, on peut légitimement penser que dans la population générale (pour laquelle l’exposition est très largement inférieure), ce soit la même chose. (Mais le démontrer nécessiterait autre genre d’étude)

Ensuite, et c’est important : le cancer n’est pas tout. Par exemple il existe des liens avérés entre l’exposition à certains pesticides et certaines maladies neurodégénératives. Voir par exemple pour cette méta analyse concernant l’incidence de la maladie de Parkinson

Van Der Mark, M., Brouwer, M., Kromhout, H., Nijssen, P., Huss, A., & Vermeulen, R. (2012). Is pesticide use related to Parkinson disease? Some clues to heterogeneity in study results. Environmental Health Perspectives, 120(3), 340.

Bref, tout n’est pas rose en matière de santé pour les agriculteurs, mais sur la question spécifique du lien glyphosate/cancer, l’étude dont j’ai parlé dans ce billet me semble être un élément important à verser au débat, et à porter à la connaissance du public. Il me semble que c’est ce qu’on peut espérer de plus sérieux et de plus robuste à ce jour en matière de lien épidémiologique cancer/glyphosate pour les travailleurs exposés.

Mais j’ai comme l’impression que la presse française ne va pas se presser pour parler de cette étude. C’est tellement moins vendeur que les études catastrophistes, même quand elles sont beaucoup moins solides. Puisse ce billet inciter les journalistes scientifiques à faire ce travail (et nul doute qu’ils le feront mieux que moi et avec un public potentiel plus large).


PS : évidemment, nul besoin de le préciser : je ne suis pas à la solde de Monsanto. Je ne fais cela que par souci d’aider à la meilleure information possible du public. Si je me permets d’écrire sur ce sujet qui n’est pas mon coeur de compétence, c’est que les aspects techniques de l’article sont essentiellement statistiques, sujet pour lequel je m’estime raisonnablement compétent. Je conçois volontiers qu’on puisse ne pas aimer Monsanto, et je n’ai aucun doute sur le fait qu’ils ne reculent pas devant les moyens de faire leur lobbying. Mais ça n’est pas une raison pour ne pas adopter une démarche rigoureuse d’analyse des études existantes. D’autant qu’il y a suffisamment de thèmes écolos pour lesquels on dispose de preuves solides (au hasard, le réchauffement climatique), je pense qu’on ne gagne rien à ne pas faire preuve de rigueur si l’on veut rester crédible dans ces combats.

PS2 : pour les fans de méthodologie statistique, si vous prenez les chiffres du papier et que vous refaites les calculs, vous trouverez de légères différences. Par exemple si je prends les chiffre brut d’incidence globale du cancer entre le groupe de contrôle et le groupe glyphosate, je trouve 13% chez les utilisateurs de glyphosate et 16% chez les autres. Donc un risque relatif brut de 0.81, dans le sens de la réduction de l’incidence pour ceux qui utilisent le glyphosate ! Ce qui explique la différence, ce sont de petits effets liés au fait que les caractéristiques socio-démographiques ne sont pas parfaitement identiques. Pour compenser pour ces différences, on utilise une procédure statistique classique, on « contrôle » pour les facteurs comme l’âge, le tabagisme, etc. Cela permet de calculer un risque relatif corrigé, dans ce cas très proche de 1. Ce sont ces risques relatifs qui sont mentionnés dans le papier. Mais même sans cela, avec les chiffres bruts, on arrive à se faire une bonne idée. 

Le Cancer

Aujourd’hui une vidéo sur un sujet complexe, le cancer.

Comme vous l’avez remarqué, j’ai bénéficié pour cette vidéo de l’aide de l’institut Gustave Roussy. Si vous voulez plus d’information, vous en trouverez notamment sur la page de l’école des sciences du cancer, la structure de formation de l’institut.

Pour les chiffres concernant les incidences et la mortalité, je me suis basé sur le travail de synthèse de Catherine Hill accessible ici.

Enfin un grand merci à Raphaël qui m’a bénévolement proposé de réaliser cette vidéo, et ça change tout ! Vous pouvez aller admirer son travail sur son portfolio. Comme vous le verrez, il tourne d’habitude avec des gens beaucoup plus beaux que moi !

 

Modifier le génome avec CRISPR/Cas9 [Vidéo]

Une petite vidéo sur ce sujet qu’il me parait indispensable de faire connaitre au plus grand nombre…

Pour une fois, vous remarquerez que ça n’est pas un sujet que j’avais déjà traité sur le blog !

Je n’ai pas beaucoup de compléments à ajouter à la vidéo, à part un truc un peu étonnant que j’ai compris sur le tard, c’est que les palindromes…n’en sont pas ! Il m’a fallu retourner à la toute première publication de 1987 (voir [1]) pour m’en rendre compte, mais si j’ai bien compris on parle de séquence ayant en fait une symétrie « dyadique », c’est-à-dire que quand on les lit à l’envers, on retrouve ne retrouve pas les mêmes bases mais leurs complémentaires.

Par exemple puisque A et T sont complémentaires ainsi que C et G, la séquence

AGGCGCCT

possède une symétrie dyadique : les 4 premières bases (AGGC) sont complémentaires des 4 dernières lues à l’envers (TCCG). Comme les deux séquences sont complémentaires, leurs transcriptions ARN peuvent s’apparier pour former une sorte d’épingle à cheveux. Lire la suite

Montre-moi tes télomères, et je te dirai combien de temps tu vivras

vieilles mainsCertains charlatans prétendent pouvoir prédire le temps qu’il vous reste à vivre à partir de la longueur de votre « ligne de vie », juste en regardant la paume de votre main. Absurde bien sûr !

Et pourtant il y a au sein de nos cellules de petites structures appelées télomères, dont la longueur est liée à notre âge, et qui se raccourcissent au fur et à mesure de notre vieillissement.

Est-ce que l’on peut alors prédire notre espérance de vie à partir de la longueur des télomères ? Et est-ce que l’on pourrait carrément interrompre notre vieillissement en les rallongeant ?

Il y a de ça, mais ça n’est pas si simple… Lire la suite

Le paradoxe de Simpson

homer-simpsonNon, le paradoxe de Simpson ne tire pas son nom de Homer, mais de Edward Simpson, le statisticien qui l’a décrit pour la première fois en 1951. Il s’agit d’un de ces paradoxes mathématiques qui peut nous faire des noeuds à la tête, mais qui malheureusement est bien plus qu’une simple curiosité : bien comprendre ce paradoxe peut s’avérer essentiel pour prendre les bonnes décisions !

Alors si vous ne connaissez pas ce phénomène statistique très contre-intuitif, lisez la suite, et les bras devraient vous en tomber ! Lire la suite

Communiquer avec des patients végétatifs grâce à l’IRM

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Grâce à des techniques récentes d’IRM, on a pu se rendre compte que pour certains patients, l’état végétatif pouvait présenter une activité cérébrale qui se rapproche de celles d’un état de conscience minimale, voire même jusqu’à entamer un début de communication avec eux !

Ces découvertes vont peut être nous amener à devoir réviser la notion d’état végétatif. Lire la suite