L’Eve mitochondriale et l’Adam Chromosome Y

6 mai 2016

Quelques précisions et références comme d’habitude :

Sur le fait que le chromosome Y ne subit pas de recombinaison génétique…ça n’est pas tout à fait vrai ! Il existe de petites régions homologues entre les chromosomes X et Y et dans lesquelles une recombinaison peut avoir lieu. Ces régions dites « pseudo-autosomiques » ne concernent que quelques % du chromosome Y (Voir par exemple Pseudoautosomal regions)

Sur la datation de l’Eve mitochondriale et de l’Adam Chromosome Y, voici une référence relativement récente :

Poznik, G. D., Henn, B. M., Yee, M. C., Sliwerska, E., Euskirchen, G. M., Lin, A. A., … & Bustamante, C. D. (2013). Sequencing Y chromosomes resolves discrepancy in time to common ancestor of males versus females. Science, 341(6145), 562-565.

Tout en sachant que les estimations peuvent varier si de nouvelles études plus précises sont conduites. En particulier le fait d’inclure un échantillon plus représentatif de la population humaine actuelle peut amener à réviser l’estimation (généralement en reculant dans le passé la datation de l’Adam ou de l’Eve). Mais autre facteur d’erreur, c’est l’estimation du taux de mutation sur le chromosome Y et les mitochondries. Sur ce point, la référence sur laquelle je me suis basée est celle-ci :

Helgason, A., Einarsson, A. W., Guðmundsdóttir, V. B., Sigurðsson, Á., Gunnarsdóttir, E. D., Jagadeesan, A., … & Stefánsson, K. (2015). The Y-chromosome point mutation rate in humans. Nature genetics, 47(5), 453-457.

On y trouve que le taux de mutation est de l’ordre de 0.7 sur 1 milliard par position et par an. Pour une génération (disons 25 ans) et à la louche 50 millions de bases sur le chromosome Y, on tombe sur le chiffre de en gros 1 mutation par génération sur le chromosome Y. J’insiste sur le « en gros », car je n’ai pas creusé ce point. Dans la vidéo mon idée était surtout de donner un ordre de grandeur de ce taux de mutation. Notamment il existe des études sur le fait que le taux de mutation ait pu varier au cours du temps.

Sur l’ancêtre commun le plus récent, indépendamment de la lignée (paternelle ou maternelle), la publication suivante aborde la question sous l’angle de la modélisation statistique :

Rohde, D. L., Olson, S., & Chang, J. T. (2004). Modelling the recent common ancestry of all living humans. Nature, 431(7008), 562-566.


Le schiste de Burgess [rediffusion]

5 août 2013

Comme tous les ans, le blog prend ses vacances au mois d’août, mais pour ne pas perdre le rythme je vous propose des rediffusions de billets passés. J’ai choisi parmi mes préférés, et ceux qui pour diverses raisons peu claires ont connu moins de succès que mes billets sur le pastis… Aujourd’hui, on attaque avec une des plus grandes révolutions paléontologiques de l’histoire !

Beaucoup moins impressionnants visuellement que les dinosaures, les fossiles du schiste de Burgess constituent pourtant l’une des découvertes paléontologiques les plus importantes de tous les temps. Ils sont si bizarres qu’il a fallu aux spécialistes un demi-siècle pour les interpréter correctement. Mais ils nous montrent qu’il y a 500 millions d’années, existait une faune animale extrêmement étrange, et bien plus diversifiée que celle qui peuple la Terre aujourd’hui.

Manifestement, la sélection naturelle à elle seule ne suffit pas à expliquer pourquoi la plupart de ces lignées d’espèces bizarres se sont éteintes. Et il semble que tout cela soit simplement le fruit du hasard qui fut à l’oeuvre lors des périodes d’extinctions massives. Lire la suite »


Denisova, qui c’est celle-là ?

12 novembre 2012

Depuis 2 ans, le monde de la paléo-anthropologie est en ébullition : une nouvelle espèce humaine pourrait avoir été découverte, et bousculer nos certitudes sur nos propres origines.

Traditionnellement, on présente les dernières étapes de l’évolution de la lignée humaine comme une finale entre deux espèces : l’homme de Néanderthal et l’Homo Sapiens. Et c’est ce dernier qui aurait gagné : nous serions donc tous des Homo Sapiens (qu’on appelle aussi l’homme de Cro-Magnon, ou encore « l’homme moderne »).

Mais grâce à la découverte et à l’analyse d’un minuscule morceau de phalange (représenté ci-contre), un troisième larron vient de faire son entrée dans le jeu, ou plutôt une larronne : Denisova. Lire la suite »


Pigeonraptor : les oiseaux sont des dinosaures

2 avril 2012

Quand j’ai promis à mon petit neveu que j’allais lui montrer un dinosaure vivant, j’ai senti comme une excitation ! Mais quand, tout fier de mon coup, je lui ai désigné un pigeon sur le trottoir, j’ai senti comme une déception…

J’ai eu beau invoquer « La Classification Phylogénétique du Vivant » de G. Lecointre & H. Le Guyader, ça n’a pas suffit à le convaincre que ça n’était pas un poisson d’avril.

Et pourtant, c’est maintenant un fait connu et reconnu, les oiseaux sont des dinosaures ! Voyons exactement ce que cela signifie et comment on en est arrivé à cette conclusion surprenante. Lire la suite »


Le schiste de Burgess

6 février 2012

Beaucoup moins impressionnants visuellement que les dinosaures, les fossiles du schiste de Burgess constituent pourtant l’une des découvertes paléontologiques les plus importantes de tous les temps. Ils sont si bizarres qu’il a fallu aux spécialistes un demi-siècle pour les interpréter correctement. Mais ils nous montrent qu’il y a 500 millions d’années, existait une faune animale extrêmement étrange, et bien plus diversifiée que celle qui peuple la Terre aujourd’hui.

Manifestement, la sélection naturelle à elle seule ne suffit pas à expliquer pourquoi la plupart de ces lignées d’espèces bizarres se sont éteintes. Et il semble que tout cela soit simplement le fruit du hasard qui fut à l’oeuvre lors des périodes d’extinctions massives. Lire la suite »


Quand a-t-on commencé à s’accoupler ?

2 mai 2011

Nous les humains, nous avons la chance et le plaisir de nous reproduire par accouplement. Puisque ça n’est pas le cas de toutes les espèces animales, on peut légitimement se demander quand, comment et pourquoi ce mode de reproduction est apparu dans l’histoire évolutive.

Pour essayer de répondre à cette question, partons à la découverte d’effrayant fossiles de poissons ancestraux : les placodermes.

Les modes de la reproduction sexuée

Les animaux pratiquant la reproduction sexuée se classent en deux groupes suivant leur mode de gestation. Chez les ovipares, l’embryon se développe au sein d’un œuf, alors que chez les vivipares, il se trouve directement au sein de l’organisme maternel.

Mais on peut aussi classer les espèces par mode de fécondation : s’il y a accouplement du mâle et de la femelle, on parle de fécondation interne alors que si des œufs sont pondus par la femelle et fécondés ensuite par le mâle (généralement en milieu aquatique), on parle de fécondation externe.

Le tableau suivant montre des exemples pour ces différents cas de gestation et de fécondation :

Pour comprendre comment la reproduction sexuée a évolué, il nous faut déterminer quels étaient les modes de reproduction des espèces qui nous ont précédé. Mais ça n’est pas si simple de deviner le comportement sexuel d’un animal en regardant son fossile ! Lire la suite »


Aux origines de l’homme : de Lucy à Toumaï

4 avril 2011

Avec ses 3.2 millions d’années, Lucy est longtemps restée la plus ancienne représentante connue de la lignée humaine. Pourtant, elle a maintenant perdu ce statut au profit de Toumaï, dont le crâne (ci-contre) a été découvert au Tchad en 2001, et dont on estime l’âge à 7 millions d’années environ.

Un fossile dont la découverte est lourde d’implications et de controverses paléontologiques.

La lignée humaine

Comme tous les écoliers le savent maintenant, l’homme ne descend pas du singe, mais nous sommes cousins. Cela signifie qu’il y a plusieurs millions d’années, les grands singes et les humains ont eu un ancêtre commun. Ce dernier a ensuite évolué dans différentes directions, une de ces directions donnant la lignée humaine, les autres donnant les chimpanzés, les gorilles, les orang-outangs.

On a d’abord pu penser que l’homme s’était détaché des singes, puis que ces derniers s’étaient différenciés (voir ci-contre). Grâce aux méthodes dites de classification phylogénétique, on sait maintenant que la séparation s’est faite plus progressivement.

L’arbre phylogénétique montre notamment que les singes les plus proches de nous sont le chimpanzé et le bonobo, et qu’ils sont d’ailleurs plus proches de nous que du gorille, puisque ce dernier s’est séparé plus tôt dans l’arbre. D’après des analyses de biologie moléculaire, la séparation hommes-chimpanzés, se serait produite il y a environ 5 à 6 millions d’années. Lire la suite »


Suivre

Recevez les nouvelles publications par mail.

Rejoignez 17 850 autres abonnés